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Biologia de Holhymenia rubiginosa (Breddin) (Hemiptera: coreidae) em Passiflora alata curtis (Passifloraceae) e parasitóides de ovos associados; Biology of Holhymenia rubiginosa (Breddin) (Hemiptera: Coreidae) on Passiflora alata Curtis (Passifloraceae) and its egg parasitoids

Kolberg, Roberta
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
Português
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Espécies do gênero Holhymenia são apontadas como pragas em maracujazeiros, podendo causar o murchamento e queda de frutos e botões florais. Neste trabalho, aspectos bioecológicos de Holhymenia rubiginosa foram estudados. Uma criação foi mantida em laboratório (25 ± 1 °C, 65 ± 10% UR, fotofase 12 horas) e os insetos alimentados com ramos e frutos (quando disponíveis) de Passiflora alata, solução de mel a 20% e pólen. O desenvolvimento embrionário foi avaliado nas temperaturas de 17, 21, 25 e 30 ± 1 °C. As ninfas e os casais foram mantidos nas mesmas condições da criação, alimentados com ramos e solução de mel. A duração média, em dias, e a viabilidade da fase de ovo foram de 25,4 ± 0,45 (88%); 13,2 ± 0,28 (88%); 8,8 ± 0,16 (94%) e 7,7 ± 0,17(92%), nas temperaturas de 17, 21, 25 e 30 ± 1 °C, respectivamente. A temperatura basal estimada para a fase embrionária foi 10,8 °C e a constante térmica 140,8 GD. Verificou-se diferença significativa entre a duração dos ínstares (P<0,0001), sendo o primeiro ínstar o mais curto (4,01 ± 0,02 dias) e o segundo o mais longo (15,75 ± 3,5 dias), além de ser o que apresentou maior mortalidade (75%). A longevidade de fêmeas foi 185,3 ± 17,52 dias e a de machos 133...

Reproduction of Cubaris murina (Crustacea: Isopoda) under laboratory conditions and its use in ecotoxicity tests

Niemeyer, Julia Carina; Santos, V. C.; Araujo, Paula Beatriz de; Silva, Eduardo Mendes da
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: application/pdf
Português
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A reprodução do isópodo Cubaris murina foi investigada em laboratório para observar: o número de filhotes por ninhada, número e duração dos períodos de incubação, e se repetidas cópulas influenciam o número de juvenis por ninhada. Um experimento foi conduzido com dois diferentes grupos: pares com uma fêmea e um macho e fêmeas mantidas individualmente depois da cópula. Não foram encontradas diferenças estatisticamente significantes entre os dois grupos de fêmeas em relação ao número de filhotes por ninhada (x = 25) e a duração dos períodos de incubação (x  =   17 dias). Uma cópula foi suficiente para ao menos cinco ninhadas, sem redução em seu tamanho. A proporção sexual dos adultos de C. murina em laboratório não apresentou diferenças significativas entre a proporção de machos e fêmeas nos cultivos. A densidade influencia o crescimento dos isópodos de forma significativa: culturas com baixa densidade têm maior taxa de crescimento do que culturas com alta densidade. Os resultados experimentais sobre a eficiência dos cultivos em laboratório para ensaios ecotoxicológicos terrestres são apresentados.; Reproduction of the isopod Cubaris murina was studied in the laboratory in order to observe the offspring number per brood...

Female monopolization and paternity assurance in South American crickets (Orthoptera, Grylloidea): mating plugs, extra claspers and forced copulation

Mello, Francisco de Assis Ganeo de
Fonte: USP Publicador: USP
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 245-257
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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP); Este trabalho descreve os primeiros três casos em que grilos machos monopolizam suas fêmeas através de plugues de acasalamento. A origem dessas estruturas varia entre os casos (i.e., não há homologia entre as mesmas). A monogamia feminina é assegurada pela presença permanente do plugue de acasalamento aderido a sua genitália após a primeira cópula, enquanto que os machos são potencialmente poligâmicos. Descrevem-se ainda a presença de clásper adicional e a ocorrência de cópulas forçadas.; This paper describes the first three cases in which male crickets monopolize females by means of mating plugs. The origin of the plugs vary among the cases (i.e., they are not homologous). Female monogamy is assured by the permanent presence of the plug attached to their genitalia after first mating, while males are potentially polygamous. The presence of an additional clasping structure and the occurrence of forced copulation are also described.

Modelagem da dependência entre testes para diagnóstico clínico usando funções cópula; Modelling the dependence between diagnostic tests using copula functions

José Rafael Tovar Cuevas
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 19/05/2011 Português
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A maioria dos estudos sobre estimação da prevalência e parâmetros de desempenho de testes para diagnóstico clínico não tem considerado que muitos dos métodos de diagnóstico incluem a medição de traços biológicos cuja resposta é expressa em escala contínua e que, devido ao fato de serem medidos no mesmo indivíduo, esses traços necessariamente apresentam algum tipo de dependência que pode ou não ser explicada como um fenômeno de comportamento linear ou de concordância. Além disso, a análise de dados realizada nesses estudos parte do pressuposto de que a estrutura dos testes é binária sem considerar o fato de que as observações assumem essa apresentação depois de serem dicotomizadas usando um ponto de corte estabelecido a partir de critérios clínicos. Nesta tese, apresenta-se uma proposta de abordagem Bayesiana ao problema da estimação da prevalência, da sensibilidade e da especificidade dos testes dentro de planejamentos que incluem a aplicação de dois ou três testes diagnósticos de triagem, os quais são produto da medição de igual número de traços biológicos expressos em escala contínua com ponto de corte para dicotimização e um padrão-ouro para verificação. Embora o objetivo principal do modelo estatístico proposto seja estudar o efeito da dependência entre resultados dos testes de triagem sobre as estimativas da prevalência e os parâmetros de desempenho...

Disputas físicas e territorialidade da espécie de borboleta Actinote pellenea (Hubner, 1821) (Nymphalidae, Acraeinae); Physical contests and territoriality in butterfly Actinote pellenea (Hubner, 1821) (Nymphalidae, Acraeinae)

Márcio Romero Marques Carvalho
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 25/02/2011 Português
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Os machos de várias espécies de borboletas defendem territórios de acasalamentos contra rivais da mesma espécie por meio de intensas perseguições em espirais. Tais perseguições raramente apresentam contato físico, tornando incerto como residentes obtêm vantagem territorial. No sudeste do Brasil os machos da borboleta aposemática Actinote pellenea (Nymphalidae), entretanto, defendem territórios agarrando rivais em vôo e caindo no solo em combate, indicando neste caso uma função da força física. Eu observei machos marcados de A. pellenea nos territórios com o objetivo de descrever as disputas em relação à natureza dos comportamentos, horário de ocorrência, e seus resultados. Analisei se injúrias físicas ocorreram e quais características dos machos, tais como tamanho, massa corporal, e desgaste alar (idade) poderiam relacionar-se com vitória em disputas. Avaliei o sucesso reprodutivo de machos donos de territórios (residentes) e machos sem territórios (intrusos) com base no número de cópulas realizadas por cada grupo. Realizei um experimento para analisar se a condição residente confere aos machos vantagem em vencer disputas, para isto, organizei disputas entre machos residentes previamente presos contra substitutos (intrusos) que naturalmente estabeleceram-se sobre o território vago (durante no mínimo 15 minutos). Os machos de A. pellenea começaram a defender territórios por volta das 9 h e permaneceram até aproximadamente 15:30 h. A maioria das disputas foram perseguições sem espirais (n=435; 84...

Inseminação artificial em Penaeus paulensis Perez Farfante, 1967 (crustacea, decapoda, penaeidae)

Petersen, Rodolfo Luis
Fonte: Universidade Federal de Santa Catarina Publicador: Universidade Federal de Santa Catarina
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: ix, 72f.| il., tabs. + anexo
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Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciencias Agrarias; A espécie Penaeus paulensis é cultivada principalmente na região Sul do Brasil. Foram realizadas e observadas 56 inseminações artificiais e 13 cópulas nas instalações do Laboratório de Camarões Marinhos (UFSC). O estádio de muda das fêmeas do camarão foi determinado pela observação microscópica dos endopoditos dos pleópodes. O espermatóforo foi inserido no télico através de um estilete de ponta plana sendo imobilizada a fêmea com a mão. As comparações entre as distribuições libres das taxas de eclosão por inseminação artificial e cópula e nos estádios A, B ou C e cópula não mostraram diferença estatisticamente significativa (teste de Mann-Whitney e de Kruskal-Wallis, respectivamente P>0,05). O valor médio da taxa de eclosão para a primeira desova de fêmeas inseminadas artificialmente foi de 68,83% e de 74,85% para as fêmeas inseminadas através de cópula. Conclui-se que a inseminação artificial em Penaeus paulensis produz desovas viáveis e descendência compatível com os objetivos de um laboratório de produção de náuplios a nível comercial. Razões econômicas e de disponibilidade de reprodutores decidirão a utilização rotineira da inseminação artificial para a especie.

Avaliação da gônada de peixe marinho e da biomassa de Artemia sp como itens alimentares sobre o desempenho reprodutivo de Litopenaeus Vannamei

Carvalho, Fernanda Guimarães de
Fonte: Florianópolis, SC Publicador: Florianópolis, SC
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: 73 f.| grafs., tabs.
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Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Aqüicultura.; A performance reprodutiva em cativeiro do Litopenaeus vannamei foi avaliada mediante a substituição do item alimentar biomassa de Artemia por gônada de peixe marinho na dieta, a fim de propor uma alternativa alimentar viável do ponto de vista sanitário, financeiro e nutricional. Foram aplicadas três dietas: uma dieta Controle, que é a dieta padrão do Laboratório de Camarões Marinhos (LCM), sendo constituída por lula e marisco, gônada de peixe marinho, biomassa de Artemia e ração comercial, oferecida em horários alternados ao longo do dia, e duas dietas teste: Gônada, na qual excluiu-se biomassa de Artemia da composição padrão, e Artemia, na qual excluiu-se gônada de peixe marinho. Ao final do experimento não foi detectada diferença significativa entre as fêmeas alimentadas com as dietas experimentais (p>0,05) em relação ao número de cópulas com desova/mês, número de ovos/desova, número de náuplios/desova, taxa de eclosão de ovos/dieta e taxa de metamorfose de náuplios a protozoéa/dieta. Em relação à composição nutricional dos itens alimentares naturais utilizados nas dietas...

Influência do oarasitismo sobre a seleção sexual e avaliação de pârametros de habitat sobre o sucesso reprodutivo de Volatinia jacarina (aves: passeriformes, emberezidae)

Aguilar, Thaís Maya
Fonte: Universidade de Brasília Publicador: Universidade de Brasília
Tipo: Tese
Português
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Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2005.; O parasitismo é uma relação entre seres vivos, onde apenas um deles é beneficiado em detrimento do outro. As aves abrigam diversos parasitas, nas regiões externas e internas do corpo. Estes parasitas podem prejudicar a saúde e sobrevivência de seus hospedeiros. A hipótese de Hamilton e Zuk sugere que a expressão de certas características de machos estaria associada à resistência destes a parasitas, e que esta resistência seria uma característica hereditária, portanto sujeita à seleção natural. Desta forma, fêmeas poderiam utilizar características sexuais secundárias de machos como indicações honestas de uma resistência genética ao parasitismo. Desde que esta hipótese foi proposta, muitos estudos têm demonstrado um impacto negativo dos parasitas sobre ornamentos dos machos, e sobre sucesso na obtenção de acasalamentos e reprodução. Porém, nem todos os estudos corroboram esta hipótese. Apesar dos muitos estudos discutindo a influência do parasitismo sobre a condição corporal e ornamentos de machos, pouco se tem relatado sobre o fenômeno relativo às fêmeas. Seria possível que fêmeas também tivessem sua condição corporal...

Efeito de manipulações experimentais na biologia reprodutiva e comportamento do tiziu (Volatinia jacarina) : da seleção de parceiros à disponibilidade de alimento

Dias, Raphael Igor da Silva Corrêa
Fonte: Universidade de Brasília Publicador: Universidade de Brasília
Tipo: Dissertação
Português
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Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Animal, 2007.; O tiziu (Volatinia jacarina) é uma espécie de passeriforme neotropical, granívora, e migratória, que se desloca para as regiões centrais do Brasil para se reproduzir durante a estação chuvosa, que coincide com os picos de produção de sementes na região. Na curta estação reprodutiva do tiziu, os machos estabelecem seus pequenos territórios e passam a executar vigorosamente seu display característico. Apesar de socialmente monogâmica, a espécie apresenta altas taxas de fertilização extra-par. Diversos estudos, a maioria com aves, já demonstraram que a escolha de parceiros sociais ou extra-par é baseada em características fenotípicas ou comportamentais do parceiro em potencial. Baseado nessas informações foi avaliado em ambiente natural e de laboratório, respectivamente: (1) a influência da disponibilidade de recurso alimentar no comportamento e nos parâmetros reprodutivos do tiziu; e (2) a seletividade de fêmeas de tiziu frente à oportunidade de obtenção de cópulas extra-par e a percepção de seu parceiro social em relação ao fato. Em ambiente natural foi realizada uma suplementação alimentar...

Parametric tail copula estimation and model testing

Haan, Laurens de; Neves, Cláudia; Peng, Liang
Fonte: Elsevier Publicador: Elsevier
Tipo: Artigo de Revista Científica
Português
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Parametric models for tail copulas are being used for modeling tail dependence and maximum likelihood estimation is employed to estimate unknown parameters. However, two important questions seem unanswered in the literature: (1) What is the asymptotic distribution of the MLE and (2) how does one test the parametric model? In this paper, we answer these two questions in the case of a single parameter for ease of illustration. A simulation study is provided to investigate the finite sample performance of the proposed estimator and test.; FCT-POCI/MAT/58876/2004

Contagion Channels of the Subprime Financial Crisis to the NYSE Euronext European Markets using Copulas

Horta, P.J.B.; Lagoa, S.; Martins, l.F.
Fonte: Instituto Universitário de Lisboa Publicador: Instituto Universitário de Lisboa
Tipo: Trabalho em Andamento
Publicado em 17/09/2012 Português
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Abstract This paper tests whether there was contagion of the Subprime financial crisis to the European stock markets of the NYSE Euronext group (Belgium, France, the Netherlands and Portugal) and, if evidence of contagion is found, determines the transmission channel(s) through which the crisis was propagated. We date the beginning of the crisis as 1st August 2007 after the burst of the U.S. subprime bubble, ending on 7th December 2009 with the emergence of the Greek sovereign debt crisis. After assessing whether there is evidence of financial contagion in the stock markets, we examine whether the "wealth constraints" transmission mechanism prevails over the "portfolio rebalancing” mechanism. An additional test looks at the interaction between stock and bond markets during the crisis and allows us to determine if the transmission occurs due to the “cross market rebalancing” channel or to the “flying to quality” phenomenon. We use copula theory to model the dependence structure between the U.S. stock market and the other stock markets in the sample, during the pre-crisis and the turmoil period. The tests suggest that i) financial contagion is present in all analysed stock markets, ii) the "portfolio rebalancing" channel is the most important crisis transmission mechanism...

Estudo sobre a cópula interespecífica entre moluscos planorbídeos Biomphalaria glabrata e B. tenagophila

Magalhães,Luiz A.; Carvalho,José F. de; Kawazoe,Urara
Fonte: Faculdade de Saúde Pública da Universidade de São Paulo Publicador: Faculdade de Saúde Pública da Universidade de São Paulo
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/09/1973 Português
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Foi estudada a freqüência da cópula interespecífica entre espécimes de Biomphalaria glabrata e B. tenagophila. Os resultados da experiência levaram a conclusão de que há preferência pela cópula intraespecífica, ocorrendo, contudo, cópulas interespecíficas.

The sexual behaviour of Panstrongylus megistus (Hemiptera: Reduviidae): an experimental study

Pires,Herton Helder Rocha; Lorenzo,Marcelo Gustavo; Lazzari,Claudio Ricardo; Diotaiuti,Liléia; Manrique,Gabriel
Fonte: Instituto Oswaldo Cruz, Ministério da Saúde Publicador: Instituto Oswaldo Cruz, Ministério da Saúde
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/05/2004 Português
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The factors affecting the sexual behaviour of Panstrongylus megistus were studied under laboratory conditions. A general description of mating behaviour is presented for this species. The effect of the time elapsed after the first imaginal feeding on the mating frequency, the motivation of males to mate and the rejection behaviour by females, were analyzed. We also determined the number of copulas accepted by females of this species. Finally, the possible existence of a sexual chemical signal promoting male aggregation around mating couples was evaluated. Results showed that mating frequency increased with the time elapsed since the first adult meal. Despite the number of male copulatory attempts did not change as a function of time, the rejection behaviour of females became gradually less frequent. Females rejected mating by means of body flattening on the substrate, abdominal movements, evasion or stridulation. After a single copula, females did not usually accept to mate again. Neither male nor female aggregation around mating couples was observed, suggesting the absence of a sexual assembling pheromone in P. megistus.

Biologia, comportamento social e alocação sexual de Digelasinus diversipes (Kirby, 1882) (Hymenoptera, Argidae)

Boraschi,Daniele; Peruquetti,Rui Carlos; Del Lama,Marco Antônio
Fonte: Sociedade Brasileira De Entomologia Publicador: Sociedade Brasileira De Entomologia
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/06/2005 Português
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São apresentados os resultados de um estudo de dois anos sobre o Symphyta neotropical Digelasinus diversipes. Esta espécie é univoltina e comum na Estação Ecológica Jataí, uma reserva de Cerrado no Estado de São Paulo. As larvas alimentam-se gregariamente em Eugenia glazioviana (Myrtaceae) de novembro a abril. Associações entre grupos de alimentação foram freqüentes. Após o período de alimentação, as larvas congregam-se e comunalmente constróem uma massa de casulos (105 casulos ± 60DP; n = 25) aderida ao tronco da planta hospedeira, permanecendo em diapausa como prepupas até o início da estação chuvosa, em outubro. O pico populacional foi observado em dezembro, quando 62% (n = 2.967) dos adultos emergiram. Em condições experimentais, foram observadas emergências das 6:30 às 15:00 h, mas 73,5% (n = 223) dos adultos emergiram entre 9:00 e 12:00 h. Não foi observado, durante a emergência, sequenciamento sexual, mas em um agregado de casulos os machos podem emergir de 20 a 40 dias antes das fêmeas. Após a emergência os machos podem (1) dispersar-se (no início e final do período de emergência; outubro e novembro, janeiro e fevereiro, respectivamente) ou (2) permanecer sobre ou próximo ao agregado de casulos e copular com as fêmeas recém-emergidas (durante o pico de emergência...

Comportamento sexual de Loxosceles laeta (Nicolet) (Araneae, Sicariidae): influência da idade da fêmea

Fischer,Marta L.
Fonte: Sociedade Brasileira de Zoologia Publicador: Sociedade Brasileira de Zoologia
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/12/2007 Português
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Loxosceles laeta (NICOLET, 1849) é uma espécie cosmopolita que possui grande resistência e longevidade o que favoreceu a sua distribuição passiva por diferentes países, porém no município de Curitiba representa 10% das ocorrências. Tendo em vista a importância médica e a necessidade de compreensão dos padrões envolvidos na distribuição e colonização dos ambientes antrópicos pelas espécies do gênero Loxosceles, o presente estudo teve como objetivo caracterizar o comportamento sexual de L. laeta. Analisou-se 60 cópulas com fêmeas virgens velhas e novas diante de machos virgens. O comportamento sexual de L. laeta foi caracterizado pela intensa utilização da teia e pela exibição de padrões motores relacionados com a sua maior agressividade quando comparada com outras espécies do gênero. Os padrões motores predominantes em fêmeas velhas estiveram ligados com uma maior receptividade, porém as interações foram mais longas, aparentemente este padrão esteve relacionado com uma maior quantidade de teias no recipiente. O comportamento sexual exibido por L. laeta caracterizou o sedentarismo e agressividade da espécie.

Aspectos biológicos de Pelidnota fulva Blanchard, 1850 (Coleoptera, Scarabaeidae, Rutelinae)

Rodrigues,Sérgio Roberto; Falco,Josani da Silva
Fonte: Instituto Virtual da Biodiversidade | BIOTA - FAPESP Publicador: Instituto Virtual da Biodiversidade | BIOTA - FAPESP
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/03/2011 Português
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Algumas espécies de Scarabaeidae apresentam importante função na decomposição e reciclagem de material vegetal e como existem poucas informações sobre esse grupo de insetos, o presente trabalho teve por objetivo estudar os aspectos biológicos de Pelidnota fulva Blanchard, 1850. A determinação do período de ocorrência foi realizada com coletas de adultos com armadilha luminosa e em fontes luminosas na fazenda experimental da Universidade Estadual de Mato Grosso do Sul de janeiro de 2008 a dezembro de 2009. Com a formação de casais e obtenção de ovos foram iniciados os estudos de biologia, sendo os insetos mantidos em câmara climatizada a 26 + 1 ºC, com fotofase de 12 horas. Os adultos ocorreram durante curto período de tempo em campo, pois foram coletados em outubro e novembro de 2008, e em setembro e outubro em 2009. Em laboratório foram obtidos ovos, os quais possuem dimensões médias 2,5 × 1,9 mm, e após alguns dias atingem as dimensões médias de 3,4 × 3,3 mm. O período embrionário durou 15,1 dias, as larvas de primeiro instar duraram 22,4 dias, as de segundo instar 36,9 dias e as de terceiro 209,7 dias, a fase de pupa durou 20,7 dias. A duração média do ciclo de ovo a adulto foi de 309,3 dias, caracterizando a espécie como univoltina. Os adultos possuem longevidade de 12...

Application of Copulas to Improve Covariance Estimation for Partial Least Squares

D’Angelo, Gina M.; Weissfeld, Lisa A.
Fonte: PubMed Publicador: PubMed
Tipo: Artigo de Revista Científica
Português
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Dimension reduction techniques, such as partial least squares, are useful for computing summary measures and examining relationships in complex settings. Partial least squares requires an estimate of the covariance matrix as a first step in the analysis, making this estimate critical to the results. In addition, the covariance matrix also forms the basis for other techniques in multivariate analysis, such as principal component analysis and independent component analysis. This paper has been motivated by an example from an imaging study in Alzheimer’s disease where there is complete separation between Alzheimer’s and control subjects for one of the imaging modalities. This separation occurs in one block of variables and does not occur with the second block of variables resulting in inaccurate estimates of the covariance. We propose the use of a copula to obtain estimates of the covariance in this setting, where one set of variables comes from a mixture distribution. Simulation studies show that the proposed estimator is an improvement over the standard estimators of covariance. The methods are illustrated from the motivating example from a study in the area of Alzheimer’s disease.

NP-MuScL: Unsupervised Global Prediction of Interaction Networks from Multiple Data Sources

Puniyani, Kriti; Xing, Eric P.
Fonte: Mary Ann Liebert, Inc. Publicador: Mary Ann Liebert, Inc.
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em /11/2013 Português
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Inference of gene interaction networks from expression data usually focuses on either supervised or unsupervised edge prediction from a single data source. However, in many real world applications, multiple data sources, such as microarray and ISH (in situ hybridization) measurements of mRNA abundances, are available to offer multiview information about the same set of genes. We propose ISH to estimate a gene interaction network that is consistent with such multiple data sources, which are expected to reflect the same underlying relationships between the genes. NP-MuScL casts the network estimation problem as estimating the structure of a sparse undirected graphical model. We use the semiparametric Gaussian copula to model the distribution of the different data sources, with the different copulas sharing the same precision (i.e., inverse covariance) matrix, and we present an efficient algorithm to estimate such a model in the high-dimensional scenario. Results are reported on synthetic data, where NP-MuScL outperforms baseline algorithms significantly, even in the presence of noisy data sources. Experiments are also run on two real-world scenarios: two yeast microarray datasets and three Drosophila embryonic gene expression datasets...

Adjustment on the Type I Error Rate for a Clinical Trial Monitoring for both Intermediate and Primary Endpoints

Halabi, Susan
Fonte: PubMed Publicador: PubMed
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 19/05/2012 Português
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In many clinical trials, a single endpoint is used to answer the primary question and forms the basis for monitoring the experimental therapy. Many trials are lengthy in duration and investigators are interested in using an intermediate endpoint for an accelerated approval, but will rely on the primary endpoint (such as, overall survival) for the full approval of the drug by the Food and Drug Administration. We have designed a clinical trial where both intermediate (progression-free survival, (PFS)) and primary endpoints (overall survival, (OS)) are used for monitoring the trial so the overall type I error rate is preserved at the pre-specified alpha level of 0.05. A two-stage procedure is used. In the first stage, the Bonferroni correction was used where the global type I error rate was allocated to each of the endpoints. In the next stage, the O’Brien-Fleming approach was used to design the boundary for the interim and final analysis for each endpoint. Data were generated assuming several parametric copulas with exponential marginals. Different degrees of dependence, as measured by Kendall’s τ, between OS and PFS were assumed: 0 (independence) 0.3, 0.5 and 0.70. This approach is applied to an example in a prostate cancer trial.

Estimation and model selection of semiparametric multivariate survival functions under general censorship

Chen, Xiaohong; Fan, Yanqin; Pouzo, Demian; Ying, Zhiliang
Fonte: PubMed Publicador: PubMed
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 01/07/2010 Português
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We study estimation and model selection of semiparametric models of multivariate survival functions for censored data, which are characterized by possibly misspecified parametric copulas and nonparametric marginal survivals. We obtain the consistency and root-n asymptotic normality of a two-step copula estimator to the pseudo-true copula parameter value according to KLIC, and provide a simple consistent estimator of its asymptotic variance, allowing for a first-step nonparametric estimation of the marginal survivals. We establish the asymptotic distribution of the penalized pseudo-likelihood ratio statistic for comparing multiple semiparametric multivariate survival functions subject to copula misspecification and general censorship. An empirical application is provided.