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Expressão gênica semi-quantitativa de receptores de gonadotrofinas em folículos dominantes de novilhas pré-púberes e adultas das raças Nelore (Bos primigenius indicus) e Marchigiana (Bos primigenius taurus); Semi-quantitative gene expression of gonadotrophin receptors in dominant follicles of Nelore (Bos primigenius indicus) and Marchigiana (Bos primigenius taurus) prepubertal heifers and cows

Zanon, José Eduardo de Oliveira
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 23/03/2006 Português
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Com o objetivo de semi-quantificar a expressão gênica para receptores de gonadotrofinas nas células de folículos dominantes em animais pré-púberes (bezerras) das raças Nelore e Marchigiana e novilhas púberes da raça Nelore, buscando diferenças que possibilitem a procura de respostas para a deficiência da competência de desenvolvimento dos oócitos de animais pré-púberes que permitam a utilização destes em programas de melhoramento genético animal, foram utilizados 8 animais, sendo três bezerras Nelore, três bezerras Marchigiana, com 7 meses de idade, e duas novilhas Nelore, com 25 meses de idade. Foi realizado acompanhamento da onda folicular através de ultra-sonografia por dois meses, e os animais foram abatidos no momento que o folículo dominante apresentava diâmetro máximo (8, 10 e 14 mm, respectivamente). Folículos dominantes foram dissecados e isolados, e foi feita extração de RNA total. Foram feitas quatro reações de síntese de cDNA a partir de cada amostra. Para análise da expressão gênica semi-quantitativa, foram realizadas reações de Duplex-PCR, utilizando-se dois oligonucleotídeos iniciadores em cada reação, um para gene controle, o gapdh, e outro para o gene alvo, receptor do hormônio folículo estimulante ou receptor do hormônio luteinizante. Estas reações foram realizadas em triplicata a partir de cada fonte de cDNA de cada amostra...

Mecanismos associados à perda de expressão do gene de galectina-3 em um modelo de progressão de melanoma murino; Mechanisms associated to the loss of galectin-3 gene expression in a model of murine melanoma progression

Teixeira, Veronica Rodrigues
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 11/04/2007 Português
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Galectina-3 é uma lectina animal que apresenta afinidade por b- galactosídeos e que tem sido associada à progressão tumoral e metástase. A expressão de galectina-3 encontra-se alterada durante a progressão tumoral de diferentes neoplasias. Em tumores como carcinoma de tiróide e bexiga a expressão de galectina-3 encontra-se aumentada, enquanto que em tumores como carcinoma de mama e ovário a expressão desta lectina encontra-se diminuída. Neste trabalho nós utilizamos um modelo de progressão tumoral de melanoma murino para investigar os mecanismos envolvidos na perda de expressão de galectina-3. Este modelo é composto por uma linhagem de melanócitos imortalizados (melan-a) e duas linhagens de melanoma de crescimento vertical (Tm1 e Tm5) estabelecidas após submeter a linhagem melan-a a inúmeros ciclos de de-adesão. Enquanto melan-a acumula grandes quantidades de galectina-3, as linhagens Tm1 e Tm5 deixaram de expressar o gene de galectina-3. Análise da região 5' do gene de galectina-3 demonstrou que esta região apresentava grande conteúdo de dinucleotídeos CpG e vários sítios SP1. O seqüenciamento desta região após tratamento do DNA com bissulfito de sódio mostrou que esta região estava totalmente metilada nas linhagens Tm1 e Tm5 e desmetilada na linhagem melan-a. O tratamento da linhagem Tm1 com 5-Aza-2'-deoxicitidina (5-Aza-CdR)...

Análise da expressão de RNAs não-codificadores intrônicos em tumores de mama; Gene expression analysis of intronic non-coding RNAs in breast tumors

Egídio, Camila de Moura
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 05/08/2008 Português
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O câncer de mama é o carcinoma que mais acomete mulheres no Brasil. Os tratamentos disponíveis são recomendados a partir da análise de fatores de prognóstico como a classificação pelo sistema TNM, tipo histológico, status de receptores hormonais e marcadores de proliferação tumoral. No entanto, a classificação dos tumores de mama é muito variável e o poder prognóstico dos marcadores tumorais atuais ainda é limitado, levando muitas pacientes à terapia adjuvante desnecessária. Portanto, novos métodos de prognóstico mais sensíveis são necessários para melhorar a tomada de decisão na clínica oncológica de pacientes com câncer de mama. Do ponto de vista de ciência básica, as modificações transcricionais associadas à oncogênese e progressão do câncer de mama ainda são pouco conhecidas. Além da alteração na expressão de genes codificadores para proteínas, evidências recentes sugerem que RNAs não-codificadores (ncRNAs) podem ter um papel importante na transformação maligna. Este projeto teve como principais objetivos: i) investigar a expressão de ncRNAs intrônicos em amostras de adenocarcinoma de mama e ii) identificar assinaturas de expressão gênica associadas a características anatomo-patológicas e clínicas de tumores de mama com potencial aplicação clínica. Para isso...

Descrição do gene do receptor de TNF-α Schistosoma mansoni e efeito do TNF-α humano na expressão gênica do parasita; Description of the TNF-α receptor gene in Schistosoma mansoni and the effect of human TNF-α on the parasite's gene expression

Santos, Katia Cristina Pereira Oliveira
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 30/09/2009 Português
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O parasita Schistosoma mansoni é um dos principais causadores da esquistossomose, doença que acomete 200 milhões de indivíduos no mundo. O parasita possui um complexo ciclo de vida composto de seis estágios evolutivos em dois hospedeiros. S. mansoni possui um sofisticado sistema de interação com seus hospedeiros de modo a escapar da resposta imune e interagir com moléculas produzidas por eles. Alguns trabalhos na literatura descreveram o efeito do TNF-α humano sobre o processo de ovoposição do parasita adulto. Nosso trabalho teve por objetivo analisar o perfil de expressão gênica do S. mansoni ao longo de seus estágios de desenvolvimento, avaliar o efeito do TNF-α humano sobre o perfil de expressão gênica do parasita em dois estágios de desenvolvimento e descrever o gene homólogo ao receptor de TNF-α humano em S. mansoni. Para isso, duas plataformas de microarrays distintas foram utilizadas: uma composta por 4000 sondas de cDNA dupla fita produzida pelo nosso grupo de pesquisa e a outra, composta por 44000 sondas de oligonucleotídeos desenhadas pelo nosso grupo e produzida pela empresa Agilent Technologies. Com estas plataformas foi detectada a expressão de 5798 genes em vermes adultos, sendo que 156 genes apresentavam a transcrição nas fitas senso e anti-senso; 6 destes tiveram confirmadas a transcrição nas duas fitas por transcrição reversa fita específica seguida de PCR em Tempo Real. Adicionalmente foram identificados 229 genes diferencialmente expressos entre vermes adultos machos e fêmeas. A análise de expressão gênica entre 5 estágios de desenvolvimento do parasita mostrou dois tipos de conjuntos de dados: (i) 1423 genes diferencialmente expressos entre dois estágios subseqüentes de desenvolvimento e (ii) 342 genes com expressão enriquecida em um estágio exclusivamente. 68 destes são transcritos intrônicos que não possuem potencial codificador de proteinas. Um gene ortólogo ao receptor de TNF-α humano (SmTNFR) foi clonado e sequenciado. O transcrito SmTNFR possui 1967pb e codifica uma proteína de 599 aminoácidos. Outros 9 genes codificando elementos conservados da via de sinalização de TNF-α também foram identificados no conjunto de ESTs público...

Expressão gênica e polimorfismo no gene da leptina e suas associações com a puberdade em Nelore; Gene expression and polymorphisms in the leptin gene and their association with puberty in Nelore

Savalio, Fernanda Regina Hora
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 05/10/2010 Português
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Nos últimos anos o gene da leptina, vem sendo objeto de intensa investigação em bovinos pela sua associação com características econômicas, tais como, metabolismo energético, eficiência e consumo alimentar, deposição de gordura e características reprodutivas. Estudos anteriores apontam que esse gene possa influenciar o início da puberdade tanto em animais como em humanos. Tendo em vista a importância desse gene para a pecuária nacional, os objetivos do presente estudo foram determinar a relação entre expressão do gene da leptina e puberdade em novilhas Nelore; identificar polimorfismos no promotor e no gene da leptina; avaliar os efeitos desses polimorfismos com a puberdade, expressão do gene e diferença esperada na progênie (DEP) para probabilidade de prenhez de novilha aos 14 meses (PP14). Amostras de tecido adiposo subcutâneo foram coletadas de 28 novilhas Nelore com idade em torno de 25 meses, sendo 14 pré-púberes e 14 púberes. Análises foram feitas por RT-PCR quantitativa, utilizando cDNA sintetizado a partir de RNA total extraído das amostras de tecido adiposo. A expressão da leptina foi 2,1 vezes maior (P=0,0337) no tecido adiposo das novilhas púberes, sugerindo que esse gene possa estar influenciando o início da puberdade nestes animais. Amostras de DNA foram extraídas para identificar polimorfismos no gene e no promotor da leptina que poderiam estar associados com a puberdade e a expressão do gene no tecido adiposo subcutâneo. Foram identificados 37 polimorfismos...

Estudo da forma, função e expressão gênica em neurociência; Study of form, function and gene expression in neuroscience

Miazaki, Mauro
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 21/05/2012 Português
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Durante o desenvolvimento de um neurônio, genes são ativados e desativados, a anatomia se forma e as funcionalidades emergem. Estes três componentes influenciam continuamente uns aos outros. O estudo da forma, função e expressão gênica nos neurônios e no cérebro permanece um tema desafiador e com potencial a ser explorado. Neste contexto, uma importante questão ainda a ser respondida é como quantificar o inter-relacionamento entre forma, função e genes. Para isso, foram realizadas atividades envolvendo caracterização e comparação da forma neuronal, o estudo de processos dinâmicos ocorrendo em redes de estruturas ramificadas, e a comparação entre expressões gênicas. Os dados da base pública NeuroMorpho, que possui quase 6.000 neurônios segmentados, foram caracterizados utilizando-se métodos estatísticos e foram analisados pelo conceito de morfoespaço proposto por McGhee. Outra base pública explorada foi o Mouse Allen Brain Atlas, com imagens de expressão gênica de cérebros de camundongo. Foi proposta a utilização de um método baseado em diagramas de Voronoi para a comparação da distribuição espacial de densidades de expressão gênica entre genes, com o propósito de encontrar correlações entre distribuições. Também foram gerados dados sobre raízes de feijão para o estudo da influência de sua estrutura ramificada na dinâmica de propagação de doenças...

Expressão dos genes ABCG2 e SCLO1A2 e sua relação com a resposta ao mesilato de imatinibe em pacientes com leucemia mieloide crônica; Gene Expression of ABCG2 and SCLO1A2 and its relationship with response to imatinib mesylate in patients with chronic myeloid leukemia

Lima, Luciene Terezina de
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 24/02/2012 Português
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A introdução do Mesilato de Imatinibe (MI) como primeiro inibidor específico de BCR-ABL1 na prática clínica revolucionou o tratamento da Leucemia Mieloide Crônica (LMC), tornando-se a terapia padrão para o tratamento desta doença. Porém, cerca de 30% dos pacientes com LMC não respondem à terapia com MI e um número substancial destes casos de resistência não tem causa conhecida. O MI interage com transportadores de membrana ABCG2 e SLCO1A2. Este estudo teve como objetivo investigar a relação da expressão gênica de ABCG2 e de SLCO1A2 com marcadores de resposta ao tratamento com MI, em indivíduos com LMC e avaliar a influência dos polimorfismos ABCG2 c.421C>A e ABCG2 c.-19-99G>A na resposta ao MI. Foram incluídos 118 pacientes com LMC os quais foram classificados em dois grupos: Grupo Respondedor, constituído por 70 pacientes com resposta citogenética completa com a dose padrão de MI (400 mg/dia) por até 18 meses e, Grupo não Respondedor constituído por 48 pacientes sem resposta citogenética completa à dose inicial de 400 mg/dia de MI ou que perderam esta resposta ao longo do tratamento e foram reescalonados para doses de 600 ou 800 mg/dia. A resposta ao tratamento foi avaliada segundo os critérios da European LeukemiaNet. Foram excluídos pacientes com alterações citogenéticas diferentes do cromossomo Ph e mutações no gene BCR-ABL1. Amostras de sangue periférico foram utilizadas para: extração do RNA total para quantificação dos transcritos BCR-ABL1 e expressão gênica de ABCG2 e SLCO1A2; extração de DNA e análise citogenética de banda G. A expressão do gene ABCG2 e SLCO1A2 e as análises dos polimorfismos foram feitas por PCR em tempo real. A expressão de ABCG2 foi maior no grupo de não respondedores ao MI (P=0...

Estudo sequencial do perfil de expressão gênica em biópsias endomiocárdicas parafinadas: associação com rejeição humoral e vasculopatia do aloenxerto cardíaco; Sequential study of gene expression profiles in paraffin embedded endomyocardial biopsies: association with humoral rejection and cardiac allograft vasculopathy

Wang, Hui-Tzu Lin
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 19/08/2014 Português
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O transplante cardíaco é a última opção terapêutica para pacientes portadores de insuficiência cardíaca grave. Apesar dos avanços na terapia imunossupressora, a rejeição continua sendo o principal obstáculo para o sucesso do transplante. No presente estudo, propõe-se avaliar o perfil de expressão gênica no tecido cardíaco. Com isso, espera-se contribuir para o melhor entendimento do processo de rejeição a nível molecular. Foram analisadas as amostras sequenciais (1, 3 e 6 meses, 1 e 2 anos pós-transplante) de biópsias endomiocárdicas em parafina de 63 indivíduos transplantados cardíacos. O diagnóstico de rejeição humoral foi realizado pela detecção de C3d e C4d do complemento na reação de imuno-histoquímica, e as expressões dos genes protetores (ADIPOR1, ADIPOR2, HMOXO-1, BCL2L1 e VEGF) e genes associados à inflamação (IL-6, TNF?, IFN?, TGF-?, AIF-1, NOS2, ICAM, VCAM e MCP-1); foram avaliadas pela reação em cadeia da polimerase quantitativa em tempo real (qPCR). As frequências de indivíduos positivos para C4d (28,6%) e vasculite (20,0%) foram significantemente maiores em relação ao teste de reatividade de anticorpos realizado nos receptores antes do transplante (6,3%). Houve mudança no perfil de expressão gênica no tecido cardíaco após o transplante...

Exequibility of differential gene expression analysis by DDRT-PCR in murine bone marrow cells

De Almeida, Danilo C.; Santos, Rodrigo Da S.; Ribeiro-Paes, João T.
Fonte: Universidade Estadual Paulista Publicador: Universidade Estadual Paulista
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 424-431
Português
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Model of study: Experimental study. Introduction: Recently, stem cell research has generated great interest due to its applicability in regenerative medicine. Bone marrow is considered the most important source of adult stem cells and the establishment of new methods towards gene expression analysis regarding stem cells has become necessary. Thus Differential Display Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (DDRT-PCR) may be an accessible tool to investigate small differences in the gene expression of different stem cells in distinct situations. Aim: In the present study, we investigated the exequibility of DDRT-PCR to identify differences in global gene expression of mice bone marrow cells under two conditions. Methods: First, bone marrow cells were isolated fresh and a part was cultivated during one week without medium replacement. Afterwards, both bone marrow cells (fresh and cultivated) were submitted to gene expression analyses by DDRT-PCR. Results: Initially, it was possible to observe in one week-cultured bone marrow cells, changes in morphology (oval cells to fibroblastic-like cells) and protein profile, which was seen through differences in band distribution in SDS-Page gels. Finally through gene expression analysis...

Estudo dos potenciais mecanismos moleculares relacionados à expressão gênica diferencial em portadores de persistência hereditária de hemoglobina fetal não delecional tipo brasileira; Study of potential molecular mechanisms related to differential gene expression in Brazilian type of hereditary persistence of fetal hemoglobin

Fernanda Marconi Roversi
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 31/10/2011 Português
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Durante o desenvolvimento ontogenético, ocorrem alterações na expressão dos genes das globinas, caracterizando o switching de hemoglobina. Após o nascimento há o silenciamento do gene da globina ? concomitante à ativação do gene da globina ?. Todavia, algumas deleções gênicas no grupamento dos genes das globinas e algumas mutações de ponto no promotor do gene da globina ? são responsáveis pela expressão continuada do gene da globina , resultando em níveis elevados de hemoglobina fetal (HbF) na vida adulta, caracterizando, respectivamente, a Persistência Hereditária de Hemoglobina Fetal delecional e a não delecional (ndPHHF). A mutação de ponto C?G na posição -195 do promotor do gene da globina ?A caracteriza a ndPHHF tipo Brasileira (ndPHHF-B), com aumento nos níveis de HbF entre 6% e 16%. Todavia, o mecanismo molecular responsável pela reativação do gene da globina ?A na ndPHHF-B não está elucidado. Estudos anteriores demonstraram que na ndPHHF tipo Brasileira (-195) a elevação nos níveis de HbF não é mediada pelo aumento na afinidade com o fator de transcrição SP1, como ocorre na ndPHHF-B tipo Inglesa (-198). Na tentativa de compreender o mecanismo responsável pelo fenótipo de ndPHHF-B, buscamos identificar outros fatores de transcrição envolvidos na reativação do gene da globina ?A nessa ndPHHF-B. Os resultados obtidos através de ensaios de Array DNA-proteína...

Expressão gênica de fatores que controlam o crescimento muscular do pacu (Piaractus mesopotamicus); Gene expression of factors that control the pacu (Piaractus mesopotamicus) skeletal muscle growth

Fernanda Losi Alves de Almeida
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 22/02/2011 Português
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Nos peixes, o crescimento muscular ocorre por hipertrofia e hiperplasia a partir da proliferação e diferenciação das células satélites, processos regulados pela expressão de fatores de transcrição e de crescimento. Os objetivos desse trabalho foram: (1) avaliar a morfologia, morfometria e expressão gênica da MyoD, miogenina e IGF-I na musculatura branca do pacu (Piaractus mesopotamicus) com 45, 90, 180, 400 dias pós-eclosão (dpe) e adultos (n=8) e (2) avaliar a expressão gênica da MyoD, miogenina e miostatina na musculatura branca e vermelha de pacus adultos (n=8). Em todos os grupos, fragmentos da musculatura branca foram dissecados e congelados em nitrogênio líquido. Nos adultos, também foram coletados fragmentos de músculo vermelho. Cortes histológicos (10 ?m) da musculatura branca, obtidos em criostato, foram corados com hematoxilina-eosina para avaliação da morfologia e morfometria. Em cada animal, foi determinado o menor diâmetro de 100 fibras musculares brancas que foram distribuídas em classes, na dependência do seu diâmetro (<20 ?m, 20-50 ?m, >50 ?m), para avaliar a hiperplasia e hipertrofia. A expressão gênica foi analisada por reação em cadeia da polimerase após transcrição reversa em tempo real. A morfologia da musculatura branca foi semelhante em todos os grupos. No grupo 45 dpe...

Transcriptional Coactivators Are Not Required for Herpes Simplex Virus Type 1 Immediate-Early Gene Expression In Vitro▿

Kutluay, Sebla B.; DeVos, Sarah L.; Klomp, Jennifer E.; Triezenberg, Steven J.
Fonte: American Society for Microbiology (ASM) Publicador: American Society for Microbiology (ASM)
Tipo: Artigo de Revista Científica
Português
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Virion protein 16 (VP16) of herpes simplex virus type 1 (HSV-1) is a potent transcriptional activator of viral immediate-early (IE) genes. The VP16 activation domain can recruit various transcriptional coactivators to target gene promoters. However, the role of transcriptional coactivators in HSV-1 IE gene expression during lytic infection had not been fully defined. We showed previously that transcriptional coactivators such as the p300 and CBP histone acetyltransferases and the BRM and Brg-1 chromatin remodeling complexes are recruited to viral IE gene promoters in a manner dependent mostly on the presence of the activation domain of VP16. In this study, we tested the hypothesis that these transcriptional coactivators are required for viral IE gene expression during infection of cultured cells. The disrupted expression of the histone acetyltransferases p300, CBP, PCAF, and GCN5 or the BRM and Brg-1 chromatin remodeling complexes did not diminish IE gene expression. Furthermore, IE gene expression was not impaired in cell lines that lack functional p300, or BRM and Brg-1. We also tested whether these coactivators are required for the VP16-dependent induction of IE gene expression from transcriptionally inactive viral genomes associated with high levels of histones in cultured cells. We found that the disruption of coactivators also did not affect IE gene expression in this context. Thus...

Inferring Carbon Sources from Gene Expression Profiles Using Metabolic Flux Models

Brandes, Aaron; Lun, Desmond S.; Ip, Kuhn; Colijn, Caroline; Weiner, Brian; Zucker, Jeremy Daniel Hofeld; Galagan, James E.
Fonte: Public Library of Science Publicador: Public Library of Science
Tipo: Artigo de Revista Científica
Português
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65.86%
Background: Bacteria have evolved the ability to efficiently and resourcefully adapt to changing environments. A key means by which they optimize their use of available nutrients is through adjustments in gene expression with consequent changes in enzyme activity. We report a new method for drawing environmental inferences from gene expression data. Our method prioritizes a list of candidate carbon sources for their compatibility with a gene expression profile using the framework of flux balance analysis to model the organism’s metabolic network. Principal Findings: For each of six gene expression profiles for Escherichia coli grown under differing nutrient conditions, we applied our method to prioritize a set of eighteen different candidate carbon sources. Our method ranked the correct carbon source as one of the top three candidates for five of the six expression sets when used with a genome-scale model. The correct candidate ranked fifth in the remaining case. Additional analyses show that these rankings are robust with respect to biological and measurement variation, and depend on specific gene expression, rather than general expression level. The gene expression profiles are highly adaptive: simulated production of biomass averaged 94.84% of maximum when the in silico carbon source matched the in vitro source of the expression profile...

Adenovirus-based exogenous gene expression in mammalian cells

El-Mogy, Mohamed A.
Fonte: St. Catharines, Ont. : Brock University, Dept. of Biological Sciences, 2010. Publicador: St. Catharines, Ont. : Brock University, Dept. of Biological Sciences, 2010.
Tipo: Artigo de Revista Científica
Português
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65.89%
Thesis (Ph.D.)--Brock University, 2010.; Brock University. Dept. of Biological Sciences. Thesis; Adenoviruses have been used as a model system for understanding gene expression, DNA replication, gene delivery and other molecular biological phenomenon. In this project, adenovirus was used as a model to study exogenous gene expression in mammalian cells. More specifically, several adenoviral components were identified to enhance gene expression together with components needed for viral DNA replication. The adenoviral elements that enhance gene expression were assembled in an expression vector (pEl). These include the viral inverted terminal repeats (ITRs), the El region, the major late promoter (MLP) and the tripartite leader sequence (TPL). The green florescence protein (GFP) was used as a reporter gene. Various aspects of gene expression were examined including DNA delivery and stability inside the cells as well as mRNA transcription and protein expression. First, the effect of DNA quality on its delivery, stability and expreSSIOn III mammalian cells was studied. Five different conditions of the major DNA contaminants were used in this investigation including ethidium bromide (EtBr) , cesium chloride (CsCl), EtBr/CsCl...

Regulation of gene expression in bovine Blastocysts in response to oxygen and the iron chelator desferrioxamine

Harvey, A.; Kind, K.; Thompson, J.
Fonte: Soc Study Reproduction Publicador: Soc Study Reproduction
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em //2007 Português
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65.86%
Low (2%) oxygen conditions during postcompaction culture of bovine blastocysts improve embryo quality and are associated with small increases in the expression of glucose transporter 1 (SLC2A1), anaphase promoting complex (ANAPC1), and myotrophin (MTPN), suggesting a role for oxygen in the regulation of embryo development, mediated through oxygen-sensitive gene expression. However, bovine embryos, to at least the blastocyst stage, lack detectable levels of the key regulator of oxygen-sensitive gene expression, hypoxia-inducible 1 alpha (HIF1A), while the less well-characterized HIF2 alpha protein is readily detectable. Here we report that other key HIF1 regulated genes are not significantly altered in their expression pattern in bovine blastocysts in response to reduced oxygen concentrations postcompaction-with the exception of lactate dehydrogenase A (LDHA), which was significantly increased following 2% oxygen culture. Antioxidant enzymes have been suggested as potential HIF2 target genes, but their expression was not altered following low-oxygen culture in the bovine blastocyst. The addition of desferrioxamine (an iron chelator and inducer of HIF-regulated gene expression) during postcompaction stages significantly increased SLC2A1...

Kausale Zusammenhänge der Expression des Transkriptionsfaktorgens TEC1, des Regulatorgens BCR1 und des Agglutiningens ALS3 in Candida albicans; Causal links between gene expression of the transcription factor TEC1, gene regulator BCR1 and Agglutinin ALS3 in Candida albicans

Ley, Claudia
Fonte: Universidade de Tubinga Publicador: Universidade de Tubinga
Tipo: Dissertação
Português
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65.86%
C. albicans ist der häufigste humanpathogene Pilz. Dabei ermöglicht ihm insbesondere seine Fähigkeit zur Ausprägung zweier unterschiedlicher morphologischer Wachstumsformen (Hyphen- und Hefeform) eine spezifische Anpassung an die jeweiligen Umgebungsverhältnisse im Wirt. Zum einen wird durch die Ausbildung von Hyphen eine bessere Adhärenz und auch eine erleichterte Invasion der äußeren Zellbarriere erreicht, zum anderen erfolgt in der Hefeform eine effizientere Dissemination im menschlichen Blutkreislauf. Der Übergang zwischen den verschiedenen Wachstumsformen wird durch ein komplexes Netzwerk verschiedener Signaltransduktionswege reguliert. Eine tragende Rolle kommt hierbei dem Transkriptionsfaktor Tec1p, einem Mitglied der TEA/ATTS-Transkriptionsfaktoren-Familie, zu. Dieser übt einen regulativen Effekt auf zahlreiche hyphenspezifische Gene aus, unter anderem auf BCR1 und ALS3. Dabei ist nach wie vor unklar, durch welche Wechselwirkung auf DNA-Ebene Tec1p diesen Effekt entfaltet. Es sind sowohl eine direkte Bindung über spezifische TCS-Motive als auch indirekte Wirkungen über Induktion anderer Transkriptionsfaktoren denkbar. So geht man zwar davon aus, dass Bcr1p einen direkten Effekt auf die ALS3-Expression hat (Argimón et al...

Analysis and Visualization of Gene Expression Data; Analyse und Visualisierung von Genexpressionsdaten

Symons, Stephan Hermann Georg
Fonte: Universidade de Tubinga Publicador: Universidade de Tubinga
Tipo: Dissertação
Português
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65.88%
Today, gene expression data is acquired with increasing speed with increasing quality and depth. High throughput technologies like DNA microarrays and next generation sequencing technologies have led to a rising pace of new discoveries in the biomedical field. These technologies are complemented by high throughput pipelines for proteomics and metabolomics profiling. Altogether, vast amounts of primary measured data, complementary data from other omics and meta information from many sources is available for researchers. This data needs to be jointly analyzed and visualized in context of external data and meta information. In this thesis, new tools and concepts are introduced for the purpose of visualizing gene expression data in the context of meta information and complementary data from other "omics" experiments. First, the application of generic visualization tools to resequencing microarrays, which are used for finding mutations in single genes is discussed. For this final step of gene expression analysis, an application called ResqMi, ("Resequencing using Microarrays") is presented that allows to use generic and adapted visualization tools on resequencing microarrays, in order to improve quality control, data analysis and revision of problematic base calls. The focus of this work is on the visualization of gene expression data. Here...

Regulação da expressão gênica no patógeno humano Trichophyton rubrum em resposta ao pH ambiente, a variações nutricionais e na interação dermatófito-hospedeiro; Regulation of gene expression in human pathogen Trichophyton rubrum in response to ambient pH, the variations in nutritional and dermatophyte-host interaction

Santos, Rodrigo da Silva
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 09/12/2013 Português
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O patógeno Trichophyton rubrum é um fungo queratinofílico e o principal agente de micoses cutâneas humanas. O processo de degradação de substratos queratinizados por dermatófitos está relacionado com a alcalinização do ambiente, o que modula a expressão e a secreção de enzimas responsáveis pela captação e utilização dos nutrientes presentes no microambiente hospedeiro. Essa modulação do pH parece determinante para o sucesso do processo infeccioso, quando o fungo se depara com o pH ácido da pele humana. A hipótese deste trabalho foi verificar se há influência do pH e da fonte nutricional na modulação da expressão de genes de T. rubrum que codificam proteínas envolvidas nos processos de autofagia (atg8 e atg15), adesão celular (sowgp) e de alguns fatores de transcrição (pacC, bZIP/cys-3 e nuc-1), e se estes processos estão relacionados à patogenicidade deste dermatófito. De modo a avaliar a modulação da expressão destes genes na patogenicidade e sobrevivência fúngica, T. rubrum foi cultivado em meios de cultura tamponados (pH 5,0 e pH 8,0) e não tamponados, contendo glicose, glicina, glicose com glicina, ou queratina como fonte nutricional. Os genes envolvidos no processo de autofagia também foram avaliados na presença do inibidor de autofagia 3-metiladenina (3-MA). Além disso...

Untersuchungen zur differentiellen Genexpression in der Leber von Connexin32-Knock-out- und Connexin32-Wildtyp-Mäusen sowie in Mauslebertumoren mit Mutationen im beta-Catenin- bzw. Ha-ras-Onkogen; Global gene expression in the liver of connexin32-null and connexin32-wild-type mice as well as in beta-catenin and Ha-ras mutated tumors

Stahl, Sabine
Fonte: Universität Tübingen Publicador: Universität Tübingen
Tipo: Dissertation; info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
Português
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Im Rahmen der vorliegenden Arbeit wurde die differentielle Genexpression in der Leber von PB-behandelten und unbehandelten Connexin32-Knockout (Cx32-KN)- und Connexin32-Wildtyp (Cx32-WT)-Mäusen untersucht. In vorausgegangenen Experimenten konnte gezeigt werden, dass Cx32 für den Prozess der Leberkrebsentstehung und ferner für die tumorpromovierende Wirkung des Modelltumorpromotors Phenobarbital (PB) in der Leber der beiden Stämme von entscheidender Bedeutung ist. So entwickeln Cx32-KN-Mäuse mehr hepatozelluläre Tumoren nach Gabe des Kanzerogens Diethylnitrosamin (DEN) als Cx32-WT-Mäuse. Im Gegensatz dazu kann die Entstehung von Lebertumoren in der Leber von Cx32-WT-Mäusen durch PB-Behandlung promoviert werden, nicht jedoch von Cx32-KN-Mäusen. PB-Behandlung verändert in normalen Hepatozyten die Expression zahlreicher Gene, wobei unklar ist, welche von diesen für die Tumorpromotion relevant sind. Ziel dieser Arbeit war es, mittels globaler Genexpressionsanalysen die unterschiedliche Empfindlichkeit von Cx32-KN- und Cx32-WT-Mäusen bezüglich der Entstehung von Lebertumoren und deren Beeinflussung durch PB aufzuklären. Es wurden dafür drei verschiedene Analysemethoden eingesetzt, wobei die Methode der Affymetrix-Microarray-Technologie die zuverlässigsten Ergebnisse brachte. Die statistische Auswertung der erhaltenen Daten ergab...

Validation of a Gene-Expression Based Assay for BRCA1 Function

Uy, PAOLO MIGUEL
Fonte: Quens University Publicador: Quens University
Tipo: Tese de Doutorado
Português
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Breast cancer is a disease that afflicts a significant proportion of women globally. 5-10% of breast cancer cases are linked to inherited polymorphisms in critical genes such as BRCA1, a tumour suppressor essential for genomic stability. A dysfunctional BRCA1 gene can increase breast cancer risk by 60-80%. Previous microarray analysis established that differential gene expression in unperturbed Epstein-Barr virus transformed lymphocyte cell lines (EBV-LCL) was able to distinguish BRCA1 mutation carriers from controls with a high degree of accuracy. A 43-gene radiation-independent classifier for BRCA1 status was constructed. We hypothesize that this differential gene expression can be observed in a subset of these genes using quantitative PCR (qPCR) in both EBV-LCL and B-lymphocytes isolated from patients with known BRCA1 mutation carrier status. The 43-gene classifier was analyzed using gene ontology analysis and 4 target genes selected based on predictive value, expression intensity and gene ontology similarity. Genes selected were CXCR3, TBX21, MX2, and IFIT1, with GusB as an endogenous reference gene. EBV-LCL established from known BRCA1 mutation carriers and from BRCA1 wildtype individuals were obtained and RT-qPCR (reverse transcriptase qPCR) performed on isolated RNA. Our results showed significant downregulation of CXCR3 and TBX21 in BRCA1 mutation carriers (p=0.018 and p=0.003...