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Validação cruzada com correção de autovalores e regressão isotônica nos modelos de efeitos principais aditivos e interação multiplicativa; Cross-validation with eigenvalue correction and isotonic regression in the additive main effect and multiplicative interaction model

PIOVESAN, Pamela; ARAÚJO, Lucio Borges de; DIAS, Carlos Tadeu dos Santos
Fonte: Universidade Federal de Santa Maria Publicador: Universidade Federal de Santa Maria
Tipo: Artigo de Revista Científica
Português
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56.17%
Neste trabalho é apresentada a aplicação dos modelos AMMI com o propósito de analisar a interação entre genótipo e ambiente em experimentos agronômicos multiambientais com dados balanceados. São apresentados dois métodos de validação cruzada e o aperfeiçoamento desses métodos por meio da correção de autovalores, sendo estes ordenados por meio da regressão isotônica. É realizado um estudo comparativo entre esses métodos por meio de dados reais. Os resultados mostram para esse conjunto de dados que o método de EASTMENT & KRZANOWSKI (1982) seleciona um modelo mais parcimonioso. Além disso, quando esse método é aperfeiçoado com a correção dos autovalores, o número de componentes não se altera. O método de GABRIEL (2002) seleciona um maior número de termos no modelo, e, quando se aplica a correção de autovalores, o número de termos diminui. O aperfeiçoamento desses métodos por meio da correção de autovalores traz um grande benefício para o pesquisador do ponto de vista prático, uma vez que a seleção do número de termos multiplicativos representa um ganho do número de blocos (ou repetições), quando se utiliza o modelo AMMI em vez do modelo completo, sendo, portanto, melhor utilizar o modelo AMMI com correção dos autovalores e selecionar o número de componentes por meio do método de Eastment e Krzanowski.; This paper presents an application of AMMI models - Additive Main effects and Multiplicative Interaction model - for a thorough study about the effect of the interaction between genotype and environment in multi-environments experiments with balanced data. Two methods of crossed validation are presented and the improvement of these methods through the correction of eigenvalues...

Gráficos biplot e joint plot para o estudo da interação tripla; biplot and joint plot graphics to study the triple interaction

ARAÚJO, Lúcio Borges de; NUALLES, Mario Varela; ARAÚJO, Mirian Fernandes Carvalho; DIAS, Carlos Tadeu dos Santos
Fonte: Universidade Federal de Santa Maria Publicador: Universidade Federal de Santa Maria
Tipo: Artigo de Revista Científica
Português
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46.17%
Este trabalho teve os seguintes objetivos: propor uma sistemática para o estudo e a interpretação da estabilidade e adaptabilidade fenotípica, por meio do modelo de Tucker3; avaliar o uso do gráfico joint plot; e comparar os resultados obtidos pela metodologia de três entradas com os resultados obtidos pelos modelos AMMI e pela análise biplot. Os dados utilizados são relativos a experimentos com 13 genótipos de feijão conduzidos em nove experimentos. Os resultados indicaram que o gráfico joint plot facilita o entendimento da interação tripla e traz ao pesquisador informações mais reais sobre a interação tripla do que a modelagem AMMI de duas entradas; o genótipo 6 foi o que menos contribuiu para a interação, e os genótipos 12, 9 e 5 foram os que mais contribuiram para a interação.; The present research had the following objectives: to propose a systematics for the study and the interpretation of the phenotypic stability and adaptability, through Tucker3 models; assess the use of the joint plot; comparing the results obtained by tucker3 model with the results obtained by biplot analysis and AMMI models. The data used are related to the experiments with 13 genotypes of beans that had been lead in 9 distinct experiments. The results indicated that the joint plot graph facilitates the understanding of triple interaction and bring to the researcher more real information about triple interaction...

Poliformismos genéticos no câncer de cabeça e pescoço: análise de risco e evolução clínica; Genetic polymorphisms in head and neck cancer: analysis of risk and clinical evolution

Curioni, Otávio Alberto
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 22/09/2008 Português
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16.2%
O carcinoma epidermóide de cabeça e pescoço (CECP) é considerado um dos tumores mais freqüentes em países em desenvolvimento, detectado quase sempre em estádios mais avançados, com poucas opções eficazes de tratamento, o que diminui a taxa de sobrevida para cinco anos em 50%. Os principais fatores de risco associados são consumo de tabaco e de álcool, seguidos da dieta e infecções virais. Não parecem existir até o momento métodos de vigilância, biomarcadores moleculares ou quimioprevenção que tenham se mostrado eficientes. A identificação de polimorfismos em genes de metabolização do tabaco e do álcool tem sido sugerida na busca de marcadores de susceptibilidade individual ao CECP. Dentre as enzimas envolvidos na fase I de metabolização incluem-se as da família do citocromo P450 (CYPs) e da fase II de metabolização as enzimas glutationa S-transferases (GSTs). Incluem-se também os polimorfismos em genes de reparo que podem alterar o risco para desenvolvimento CECP, sobretudo nos indivíduos consumidores de álcool e tabaco. Polimorfismos em CYPs e GSTs podem alterar a dinâmica de metabolização e excreção de carcinógenos aumentando o risco de mutações como adutos de DNA e conseqüentemente o câncer. No presente estudo foram avaliados polimorfismos em genes da fase I (CYP1A1 MspI...

Genes de reparo do DNA e de susceptibilidade genética em pacientes com melanoma maligno; DNA repair and genetic susceptibility genes in malignant melanoma patients

Gonçalves, Fernanda de Toledo
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 19/01/2010 Português
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15.95%
O melanoma é uma lesão maligna da pele, com alta taxa de mortalidade cuja incidência vem aumentando nos últimos anos. Os principais fatores de risco são a história familial da doença, presença de nevos benignos múltiplos ou nevos atípicos e melanoma prévio. Imunossupressão, sensibilidade ao sol e exposição intermitente e intensa à radiação UV da luz solar, sem proteção, são fatores de risco adicionais. O objetivo deste estudo caso-controle de base hospitalar foi avaliar a contribuição de polimorfismos de genes de metabolização de xenobióticos (CYP1A1/MspI, CYP2E1/PstI, GSTM1, GSTT1 e GSTP1/Bsma), de genes de reparo do DNA (XRCC1/MspI, XRCC3/NcoI e XPD/PstI) e do gene do receptor de vitamina D (VDR/FokI e VDR/TaqI) no risco de melanoma. Consentiram em participar 193 pacientes com melanoma (49,7% homens e 50,3% mulheres, média de 52 ± 14,28 anos) e 208 controles (51,4% homens e 48,6% mulheres, média de 48 ± 15,24 anos) que após responderem a um questionário detalhado sobre hábitos e tipos de exposição a fatores de risco cederam amostras biológicas para análsie do DNA por PCR-RFLP. Os principais fatores de risco para o melanoma foram ascendência européia (p<0,001), cor de olhos claros (p<0,001), presença de nevos (p<0...

Biodisponibilidade de Beta-caroteno em mandiocas e batatas-doces biofortificadas: estudos dos efeitos de genótipos e processamentos; In vitro bioavailability of Beta-carotene from cassava and sweet-potatoes biofortified in Brazil: study of the effects of genotypes and processing

Berni, Paulo Roberto de Araujo
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 08/07/2014 Português
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16.02%
A deficiência de vitamina A é um problema global de saúde pública que afeta especialmente crianças com menos de 5 anos, mulheres durante o parto e 1 ano pós-parto e é a principal causa de cegueira evitável em crianças. Biofortificação é uma estratégia que visa reduzir as deficiências de micronutrientes em populações vulneráveis ao redor do mundo através do aumento da concentração de nutrientes nos alimentos básicos. Investigou-se os efeitos de genótipos e estilos de cocção sobre o conteúdo, retenção e biodisponibilidade de ?-caroteno (?C) em mandiocas biofortificadas e batatas-doces de polpa laranja (BDPL). Cinco genótipos de mandioca biofortificada, três acessos parentais, e uma mandioca branca foram fornecidos por dois programas de melhoramento. Adicionalmente, foram avaliados dois genótipos de BDPL e duas marcas de alimentos infantis. Tanto as raízes de mandioca quanto de batatas-doces foram analisadas cruas, cozidas em água a 100°C, e fritas em óleo de soja a 180°C após cozimento. Os carotenoides foram extraídos e analisados por HPLC-DAD. A biodisponibilidade foi determinada utilizando a digestão oral, gástrica e duodenal in vitro e absorção por culturas celulares Caco-2. Somente o ?C foi detectado em todos os genótipos de mandioca...

Efeito de períodos de semeadura e das condições de armazenamento sobre a qualidade de grãos de feijão para o cozimento

Ribeiro, Nerinéia Dalfollo; Rodrigues, Josana de Abreu; Cargnelutti Filho, Alberto; Poersch, Nerison Luiz; Trentin, Marcinéia; Rosa, Simone Saydelles da
Fonte: Instituto Agronômico de Campinas Publicador: Instituto Agronômico de Campinas
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 157-163
Português
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35.98%
A conservação adequada pode manter as características do grão recém-colhido por mais tempo, assegurando o valor comercial do produto estocado. Assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar o efeito de períodos de semeadura na qualidade de cozimento de grãos de feijão da cultivar TPS Nobre, quando armazenados em diferentes condições de temperatura, de umidade e tempo de estocagem. O delineamento experimental utilizado foi o inteiramente casualizado, com três repetições. Os tratamentos consistiram da combinação de três períodos de semeadura, com três ambientes de armazenamento e três tempos de armazenamento dos grãos (0, 3 e 6 meses). A interpretação dos resultados permitiu inferir que as porcentagens de grãos normais e de grãos duros revelaram comportamento diferenciado em função do ambiente e do tempo de armazenamento. Constatou-se maior porcentagem de grãos duros após seis meses de armazenamento, realizado sob temperatura média do ar de 12 °C e umidade relativa de 45%-50% e também quando os grãos foram resultantes de semeadura realizada tardiamente (21/10/03). A absorção de água e o tempo de cozimento dos grãos de feijão foram alterados em função do período de semeadura, das condições e do tempo de armazenamento...

Seleção de progênies de meios-irmãos do composto Isanão VF-1 de milho na safra e safrinha

Candido, Liliam Silvia; Andrade, João Antonio da Costa; Garcia, Fabiana Queiroz; Gonçalves, Leandro Simões Azeredo; Amaral Júnior, Antonio Teixeira do
Fonte: Universidade Federal de Santa Maria (UFSM) Publicador: Universidade Federal de Santa Maria (UFSM)
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 947-953
Português
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36.13%
O aumento significativo da produção de milho na segunda safra no Brasil, principalmente no centro-sul do país, têm estimulado os programas de melhoramento da cultura a selecionar genótipos que sejam adaptáveis às condições climáticas das diferentes épocas de semeadura. Nesse sentido, o objetivo do presente trabalho foi quantificar a interação progênies x épocas de semeadura e verificar seus reflexos no progresso genético com o uso de índice de seleção multivariado para seleção de progênies do Composto Isanão VF-1 de milho. As semeaduras foram realizadas na segunda safra em 2004 e na primeira safra do ano agrícola 2004/05. Foram utilizadas 71 progênies de meios irmãos avaliadas em blocos ao acaso, com três repetições. Os caracteres avaliados foram: altura de plantas, altura de espigas, tombamento, prolificidade e rendimento de grãos. Realizaram-se a decomposição da interação progênies x épocas e foram estimados os ganhos pelo índice de seleção descrito por Mulamba e Mock. Houve predomínio da interação do tipo simples para maioria dos caracteres, exceto para prolificidade, que revelou 86% de interação do tipo complexa. Pelo índice de Mulamba e Mock, os ganhos proporcionais mais adequados para o conjunto de caracteres avaliados foi obtido pelos pesos econômicos atribuídos por tentativas. Os ganhos preditos foram de 1...

Interação de progênies de alface do grupo americano por épocas de cultivo

Hotta, Luiz Fernando Kenyti
Fonte: Universidade Estadual Paulista (UNESP) Publicador: Universidade Estadual Paulista (UNESP)
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: viii, 87 f.: gráfs, tabs.
Português
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35.98%
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); Pós-graduação em Agronomia (Horticultura) - FCA; O objetivo do presente trabalho foi estudar a existência de interação genótipo x ambiente em alface do grupo americano, visando à seleção de progênies superiores, com adaptação geral ou específica a diferentes épocas de cultivo, em comparação com as cultivares comerciais. Os experimentos foram conduzidos na Estação Experimental de Bragança Paulista – E.E.B.P, pertencente à Sakata Seed Sudamerica Ltda, localizada no município de Bragança Paulista - SP. O delineamento experimental utilizado foi o de blocos ao acaso, com 3 repetições e 20 plantas por parcela. Os tratamentos foram constituídos de 44 progênies de alface do grupo americano e oito cultivares comerciais (Laurel, Lucy Brown, Manara, Rafaela, Raider, Raider Plus, Rubette e Tainá), totalizando 52 tratamentos, semeados em três épocas, julho, novembro e abril, representando os cultivos de inverno, verão e outono, respectivamente. Todas as progênies utilizadas foram originárias do programa de melhoramento de alface que vem sendo realizado na área de Melhoramento Vegetal do Departamento de Produção Vegetal, da Faculdade de Ciências Agronômicas...

Interação genótipo × ambiente e estimativas de parâmetros genéticos de características ponderais de bovinos Tabapuã

Fridrich,A.B.; Silva,M.A.; Fridrich,D.; Corrêa,G.S.S.; Silva,L.O.C.; Sakaguti,E.S.; Ferreira,I.C.; Valente,B.D.
Fonte: Universidade Federal de Minas Gerais, Escola de Veterinária Publicador: Universidade Federal de Minas Gerais, Escola de Veterinária
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/10/2005 Português
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76.25%
Dados de pesos aos 205 (P205) e 365 (P365) dias de idade, de 28.946 animais Tabapuã, provenientes de 152 fazendas dos diversos estados brasileiros, nascidos no período de 1976 a 1995, foram utilizados nesta análise. Foram avaliadas as interações genótipo-ambiente, bem como estimadas herdabilidades direta e materna pelo método de máxima verossimilhança restrita em modelo estatístico, que incluiu efeitos fixos de grupo contemporâneo, idade da vaca ao parto (covariável) e efeitos aleatórios genéticos direto e materno. As estimativas de herdabilidade direta e materna para P205 nas regiões Sul (R1), Sudeste (R2), Centro-Oeste (R3) e Nordeste (R4) foram: 0,02 e 0,31 (R1), 0,17 e 0,19 (R2), 0,20 e 0,09 (R3) e 0,06 e 0,16 (R4). Para P365, foram 0,05 e 0,03 (R1), 0,20 e 0,03 (R2), 0,51 e 0,62 (R3) e 0,15 e 0,05 (R4). As correlações genéticas encontradas para as características P205 e P365, ambas consideradas características distintas nas regiões R1, R2, R3 e R4, foram: 1,00 e 0,99, 0,84 e 0,99, -0,86 e -0,73, 0,98 e 0,93, 0,51 e 0,45, 1,00 e 0,12 para R1/R2, R1/R3, R1/R4, R2/R3, R2/R4 e R3/R4, respectivamente. Esses resultados indicam que, na desmama (P205), o efeito da interação genótipo x ambiente foi observado somente nas combinações que envolveram a região Nordeste (R4) e as regiões Sul (R1) e Sudeste (R2). Para pesos pós-desmama (P365)...

Validação cruzada com correção de autovalores e regressão isotônica nos modelos de efeitos principais aditivos e interação multiplicativa

Piovesan,Pamela; Araújo,Lucio Borges de; Dias,Carlos Tadeu dos Santos
Fonte: Universidade Federal de Santa Maria Publicador: Universidade Federal de Santa Maria
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/07/2009 Português
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56.1%
Neste trabalho é apresentada a aplicação dos modelos AMMI com o propósito de analisar a interação entre genótipo e ambiente em experimentos agronômicos multiambientais com dados balanceados. São apresentados dois métodos de validação cruzada e o aperfeiçoamento desses métodos por meio da correção de autovalores, sendo estes ordenados por meio da regressão isotônica. É realizado um estudo comparativo entre esses métodos por meio de dados reais. Os resultados mostram para esse conjunto de dados que o método de EASTMENT & KRZANOWSKI (1982) seleciona um modelo mais parcimonioso. Além disso, quando esse método é aperfeiçoado com a correção dos autovalores, o número de componentes não se altera. O método de GABRIEL (2002) seleciona um maior número de termos no modelo, e, quando se aplica a correção de autovalores, o número de termos diminui. O aperfeiçoamento desses métodos por meio da correção de autovalores traz um grande benefício para o pesquisador do ponto de vista prático, uma vez que a seleção do número de termos multiplicativos representa um ganho do número de blocos (ou repetições), quando se utiliza o modelo AMMI em vez do modelo completo, sendo, portanto, melhor utilizar o modelo AMMI com correção dos autovalores e selecionar o número de componentes por meio do método de Eastment e Krzanowski.

Gráficos biplot e joint plot para o estudo da interação tripla

Araújo,Lúcio Borges de; Nualles,Mario Varela; Araújo,Mirian Fernandes Carvalho; Dias,Carlos Tadeu dos Santos
Fonte: Universidade Federal de Santa Maria Publicador: Universidade Federal de Santa Maria
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/04/2010 Português
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36.11%
Este trabalho teve os seguintes objetivos: propor uma sistemática para o estudo e a interpretação da estabilidade e adaptabilidade fenotípica, por meio do modelo de Tucker3; avaliar o uso do gráfico joint plot; e comparar os resultados obtidos pela metodologia de três entradas com os resultados obtidos pelos modelos AMMI e pela análise biplot. Os dados utilizados são relativos a experimentos com 13 genótipos de feijão conduzidos em nove experimentos. Os resultados indicaram que o gráfico joint plot facilita o entendimento da interação tripla e traz ao pesquisador informações mais reais sobre a interação tripla do que a modelagem AMMI de duas entradas; o genótipo 6 foi o que menos contribuiu para a interação, e os genótipos 12, 9 e 5 foram os que mais contribuiram para a interação.

Análise toxicológica sistemática e fenotipagem de CYP2C19: contribuição ao monitoramento terapêutico da amitriptilina

Linden, Rafael
Fonte: Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul; Porto Alegre Publicador: Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul; Porto Alegre
Tipo: Tese de Doutorado
Português
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15.95%
O monitoramento terapêutico, compreendido como a determinação de concentrações plasmáticas de fármacos e a aplicação destas determinações à individualização da farmacoterapia, é uma abordagem útil quando da utilização de amitriptilina, considerando que faixas de concentração terapêutica e tóxicas estão propostas. Entretanto, a obtenção de níveis plasmáticos terapêuticos é fortemente impactada pela variabilidade fenotípica do metabolismo. Freqüentemente, o genótipo metabolizador não permite prever o fenótipo. Um dos fatores mais comuns de inconsistência entre genótipo e fenótipo é a interação entre fármacos. Considerando que uma parcela significativa dos pacientes não relatam o uso corrente de medicamentos e fitoterápicos aos médicos assistentes, procedimentos de análise toxicológica sistemática podem ser úteis para avaliar a co-administração de fármacos. Neste estudo, foi desenvolvido um sistema informatizado para cálculo de parâmetros cromatográficos e busca em bases de dados previamente publicadas, disponível na rede mundial de computadores. Este sistema permite a identificação de substâncias de interesse toxicológico com elevada probabilidade, mesmo com a utilização de métodos analíticos simples e de baixo custo. Também foi desenvolvida e validada uma metodologia para determinação simultânea de omeprazol...

Avaliação do polimorfismo de deleção de GSTT1 e GSTM1 na susceptibilidade ao diabetes mellitus tipo 2; Evaluation of GSTM1 and GSTT! deletion polymorphisms on type-2 diabetes mellitus susceptibility

Pinheiro, Denise da Silva
Fonte: Universidade Federal de Goiás; Brasil; UFG; Programa de Pós-graduação em Biologia (ICB); Instituto de Ciências Biológicas - ICB (RG) Publicador: Universidade Federal de Goiás; Brasil; UFG; Programa de Pós-graduação em Biologia (ICB); Instituto de Ciências Biológicas - ICB (RG)
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
Português
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16.06%
In the pathogenesis of type 2 diabetes mellitus (DM2), it is observed that the increased oxidative stress may contribute to decreased insulin production and destruction of pancreatic β cells. Individuals who have no activity of GSTM1 and GSTT1 isoforms may have an increased susceptibility to damage caused by reactive species to pancreatic β cells, since these cells express low levels of antioxidant enzymes. This case-control study aimed to analyze the genotypic profiles of the deletion polymorphism of GSTM1 and GSTT1 genes by molecular assays (conventional PCR and qPCR) to associate these polymorphisms with DM2 risk, considering that studies with this approach have not been conducted in Brazil. Data of clinical, laboratorial and demographic variables of 120 patients and 147 controls were obtained through interviews and information from medical charts (patients) or results of recent clinical and laboratory exams (controls). It was found that diabetic patients had a higher frequency of GSTT1-null genotype (29.2%) than non-diabetic subjects (12.2%), and those with the risk genotype have an increased predisposition to diabetes from approximately 3.2 times (p = 0.0004). However, there was no association of GSTM1-null with DM2 susceptibility. The analysis of the influence of GSTT1 deletion on clinical and biochemical changes in the case group showed that the risk genotype may contribute to the development of DM2 complications related to dyslipidemia...

Avaliação de cultivares de girassol para o Brasil central; Evaluation of sunflower cultivars for central Brazil

Porto, Willyam Stern; Carvalho, Claudio Guilherme Portela de; Pinto, Ronald José Barth; Oliveira, Marcelo Fernandes de; Oliveira, Ana Cláudia Barneche de
Fonte: Universidade de São Paulo. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz Publicador: Universidade de São Paulo. Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz
Tipo: info:eu-repo/semantics/article; info:eu-repo/semantics/publishedVersion; ; ; ; ; Formato: application/pdf
Publicado em 01/04/2008 Português
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36.02%
Despite a large availability of areas suitable for sunflower cropping in Central Brazil, few adapted cultivars are available in the market. The objective of this work was to select sunflower cultivars adapted to this important production region. Experimental data from 2000 to 2004 were obtained by the National Sunflower Trials, coordinated by Embrapa Soja. The evaluated traits were grain and oil yields. Two criteria were used for selection of cultivars: i) the general mean obtained from different environments; ii) partitioning of general mean in favorable and unfavorable environments. Partitioning of the general mean allowed to detect the specific environment indicated for each cultivar. For grain yield, the cultivar Helio 251 presented general indication, Milênio and CF 17 could be indicated for favorable environments and ACA 884, ACA 885 and ACA 872 for the unfavorable ones. For oil yield, CF 13, Milênio, DK 4030, Helio 250 and ACA 872 had general indication; AG 966, GH 12, GV 26043, CF 17 and VDH 93 could be indicated for favorable environments, while VDH 488, Helio 251, ACA 884 and ACA 885 for the unfavorable conditions. In 2002, the partition of the general mean was not carried out. In this year, general mean of cultivars Exp 37...