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Malaria diagnosis from pooled blood samples: comparative analysis of real-time PCR, nested PCR and immunoassay as a platform for the molecular and serological diagnosis of malaria on a large-scale

LIMA, Giselle FMC; LEVI, José E; GERALDI, Marcelo P; SANCHEZ, Maria Carmen A; SEGURADO, Aluísio AC; HRISTOV, Angélica D; INOUE, Juliana; COSTA-NASCIMENTO, Maria de Jesus; DI SANTI, Silvia M
Fonte: Instituto Oswaldo Cruz, Ministério da Saúde Publicador: Instituto Oswaldo Cruz, Ministério da Saúde
Tipo: Artigo de Revista Científica
Português
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Malaria diagnoses has traditionally been made using thick blood smears, but more sensitive and faster techniques are required to process large numbers of samples in clinical and epidemiological studies and in blood donor screening. Here, we evaluated molecular and serological tools to build a screening platform for pooled samples aimed at reducing both the time and the cost of these diagnoses. Positive and negative samples were analysed in individual and pooled experiments using real-time polymerase chain reaction (PCR), nested PCR and an immunochromatographic test. For the individual tests, 46/49 samples were positive by real-time PCR, 46/49 were positive by nested PCR and 32/46 were positive by immunochromatographic test. For the assays performed using pooled samples, 13/15 samples were positive by real-time PCR and nested PCR and 11/15 were positive by immunochromatographic test. These molecular methods demonstrated sensitivity and specificity for both the individual and pooled samples. Due to the advantages of the real-time PCR, such as the fast processing and the closed system, this method should be indicated as the first choice for use in large-scale diagnosis and the nested PCR should be used for species differentiation. However...

Diagnosis of neonatal group B Streptococcus sepsis by nested-PCR of residual urine samples; Diagnóstico de sepse neonatal causada pelo estreptococo do grupo B por meio de dupla amplificação de amostras residuais de urina

CEZARINO, Bruno Nicolino; YAMAMOTO, Lidia; DEL NEGRO, Gilda Maria Barbaro; ROCHA, Daisy; OKAY, Thelma Suely
Fonte: Sociedade Brasileira de Microbiologia Publicador: Sociedade Brasileira de Microbiologia
Tipo: Artigo de Revista Científica
Português
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66.54%
Group B streptococcus (GBS) remains the most common cause of early-onset sepsis in newborns. Laboratory gold-standard, broth culture methods are highly specific, but lack sensitivity. The aim of this study was to validate a nested-PCR and to determine whether residue volumes of urine samples obtained by non invasive, non sterile methods could be used to confirm neonatal GBS sepsis. The nested-PCR was performed with primers of the major GBS surface antigen. Unavailability of biological samples to perform life supporting exams, as well as others to elucidate the etiology of infections is a frequent problem concerning newborn patients. Nevertheless, we decided to include cases according to strict criteria: newborns had to present with signs and symptoms compatible with GBS infection; at least one of the following biological samples had to be sent for culture: blood, urine, or cerebrospinal fluid; availability of residue volumes of the samples sent for cultures, or of others collected on the day of hospitalization, prior to antibiotic therapy prescription, to be analyzed by PCR; favorable outcome after GBS empiric treatment. In only one newborn GBS infection was confirmed by cultures, while infection was only presumptive in the other three patients (they fulfilled inclusion criteria but were GBS-culture negative). From a total of 12 biological samples (5 blood...

Avaliação de seqüências iniciadoras das regiões 18SrDNA, 5,8SrDNA e ITS pela Nested PCR, em amostras de soro e líquor de pacientes com síndrome da imunodeficiência adquirida (SIDA) para o diagnóstico molecular da criptococose; Evaluation of primers 18SrDNA, 5,8SrDNA and ITS regions by Nested PCR in serum and cerebrospinal fluid samples from acquired immunodeficiency syndrome (AIDS) patients for molecular diagnosis of cryptococcosis

Dantas, Katia Cristina
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 18/11/2010 Português
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66.61%
Cryptococcus neoformans (C. neoformans), um fungo que se encontra disseminado em várias partes do mundo, inclusive no Brasil, é o responsável pela criptococose infecção oportunista mais comum em pacientes com a síndrome da imunodeficiência adquirida (SIDA). O caráter sistêmico da criptococose pode levar esses pacientes a óbito. A finalidade de se obter um diagnóstico laboratorial rápido e acurado de C. neoformans, principalmente para o seguimento dos pacientes HIV nos levou a investigar "seqüências iniciadoras" (Si) A, B e C das regiões 18SrDNA, 5,8SrDNA e ITS do Cryptococcus spp. Pela Nested PCR com estas seqüências, sugerimos a melhor delas para o desenvolvimento de um diagnóstico molecular em relação aos métodos usuais. Para tal, foram avaliadas amostras de soro e líquor de 39 pacientes, que já haviam recebido tratamento clínico. Todos os casos foram selecionados em grupos, como segue:7 com criptococose (GIII), 14 HIV positivos (GIV), 18 HIV positivos associados com a criptococose (GV) em relação a 10 controles - indivíduos sadios (GI) e amostras de culturas referência (GII). Os resultados obtidos pela Nested PCR com as "Sis" A, B e C foram comparados àqueles obtidos pelos métodos de diagnóstico convencionais. As análises desse estudo mostraram que as "Sis" A...

Investigação diagnóstica de doença concomitante babesiose e anaplasmose em rebanho eqüino, por técnicas de Nested PCR e c - ELISA ou ELISA indireto; Diagnostic investigation of concomitant disease babesiosis and anaplasmosis in equine herd by nested PCR e - ELISA or indirect ELISA

Parra, Andréa Cristina
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 11/12/2009 Português
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66.63%
Em função da proximidade cada vez maior entre o cavalo e o homem, é de extrema importância ter conhecimentos das doenças que acometem os equinos, que por ventura, podem acometer seres humanos. Dentre muitas doenças, pode-se citar duas, que promovem grandes perdas econômicas aos rebanhos eqüinos, tanto no tratamento desses rebanhos, como com a morte dos mesmos, dificultando a importação e exportação de animais: a babesiose e a erliquiose (anaplasmose), que podem estar ou não associadas, acometendo um animal, concomitantemente. A presente pesquisa teve como objetivo investigar e diagnosticar doença concomitante babesiose (por Babesia equi ou Theileria equi) e Erliquiose (por Erliquia equi ou Anaplasma phagocytophilum), no estado de São Paulo, em rebanhos eqüinos, utilizando as técnicas de Nested PCR (Nested polymerase chain reaction reação em cadeia pela polimerase para diagnóstico de T. equi e A. phagocytophilum) e c-ELISA (competitive enzyme-linked immunosorbent assay para diagnóstico de T. equi) ou ELISA indireto (para diagnóstico de A. phagocytophilum) e comparar os resultados obtidos nas diferentes técnicas em 250 amostras de eqüino (sangue total e soro). Como resultado, obteve-se 38,4%, 46% e 36% de positividade...

Real time-pcr e nested-pcr no diagnóstico da tuberculose pulmonar; Real Time -PCR and NESTED-PCR to detect Mycobacterium tuberculosis in pulmonary samples

Rozales, Franciéli Pedrotti
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
Português
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66.56%
A tuberculose (TB) é um importante problema de saúde pública, portanto, é necessário o desenvolvimento de novas ferramentas para a detecção rápida e confiável do Mycobacterium tuberculosis, prevenindo a transmissão da TB. O objetivo deste estudo foi avaliar dois testes moleculares para detecção de bactérias do Complexo Mycobacterium tuberculosis (MTBC) diretamente de amostras clínicas. Foi realizado um estudo transversal, no qual foram selecionadas 124 amostras respiratórias. As amostras foram avaliadas por dois testes moleculares “in house” para detecção do MTBC: NESTED-PCR (NPCR) e Real Time PCR (RT-PCR) ambos com primers para o IS6110. As amostras também foram avaliadas por um teste direto (pesquisa de BAAR). Os resultados foram comparados com a cultura para M.tuberculosis e também com os resultados da cultura juntamente com dados clínicos. Uma amostra comercial com quantificação de DNA conhecida foi utilizada para determinação do Limite de Detecção (LOD) dos testes moleculares. O LOD foi de 1 cópia/μL para o RT-PCR e de 25 cópias/μL para o NPCR. O BAAR apresentou baixa sensibilidade - SE - (40%) e alta especificidade - SP - (94%). Ambos os ensaios moleculares, apresentaram elevada SE e SP (RT-PCR 98% e 91%...

Species-specific nested PCR as a diagnostic tool for Brucella ovis infection in rams

Costa, L.F.; Nozaki, C.N.; Lira, N.S.C.; Antunes, J.M.A.P.; Xavier, M.N.; Costa, E.A.; Paixão, T.A.; Santos, R.L.; Megid, J.
Fonte: Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), Escola de Veterinária Publicador: Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG), Escola de Veterinária
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: 55-60
Português
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66.69%
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq); O presente estudo objetivou avaliar uma técnica de nested PCR espécie-específica delineada a partir de PCR espécie-específica descrita anteriormente para detecção de B. ovis em sêmen e urina de carneiros infectados experimentalmente. O desempenho da nested PCR espécie-específica foi comparado com os resultados de uma PCR gênero-específica. Quatorze carneiros foram infectados experimentalmente com Brucella ovis REO 198 e amostras de sêmen e de urina foram colhidas semanalmente até 180 dias após a infecção. de 83 amostras de sêmen, 42 (50,6%) foram positivas pela nested PCR espécie-específica, e 23 (27,7%) foram positivas pela PCR gênero-específica. de 75 amostras de urina, 49 (65,3%) foram positivas pela nested PCR espécie-específica, enquanto 11 (14,6%) foram positivas em PCR gênero-específica. A técnica de nested PCR espécie-específica foi significativamente mais sensível (P<0,001) do que a PCR gênero-específica no sêmen e na urina de carneiros infectados experimentalmente. em conclusão, a nested PCR espécie-específica desenvolvida neste estudo pode ser utilizada como ferramenta de diagnóstico para detecção de B. ovis em sêmen e urina de carneiros suspeitos.; The aim of the present study was to evaluate a species-specific nested PCR based on a previously described species-specific PCR for detection of B. ovis in semen and urine samples of experimentally infected rams. The performance of the species-specific nested PCR was compared with the results of a genus-specific PCR. Fourteen rams were experimentally infected with the Brucella ovis REO 198 strain and samples of semen and urine were collected every week up to 180 days post infection. Out of 83 semen samples collected...

Helicobacter pylori em pacientes com ulcera peptica e gastrite cronica : : detecção pela Nested PCR e pela PCR e genotipagem pelos genes Urease C e Urease B; Helicobacter pylori in patients with peptic ulcer and chronic gastritis: detection by nested PCR and by PCR and genotyping by genes Urease C and Urease B

Bruna Maria Roesler
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 24/08/2006 Português
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O Helicobacter pylori é uma bactéria gram-negativa que está estritamente relacionada com o desenvolvimento de doenças gástricas, inclusive malignas, sendo classificada como carcinógeno do grupo I pela Agência Internacional para Pesquisa do Câncer. Apesar de grande parte da população mundial estar contaminada pela bactéria, a maioria dos indivíduos permanece assintomática. Muitas abordagens são sugeridas para diferenciar os isolados de H. pylori e diversas técnicas de biologia molecular têm sido aplicadas para caracterizar as amostras clínicas de diferentes pacientes. A análise de restrição (RFLP) usada em conjunto com a PCR tem sido amplamente utilizada para a tipagem de isolados clínicos, utilizando vários genes do genoma do H. pylori como alvos para esse método. Padrões de eletroforese da nested PCR e da PCR para as regiões dos genes urease C e urease B do H. pylori foram obtidos com enzimas de restrição e comparados entre pacientes com úlcera péptica e gastrite crônica. Os produtos da nested PCR para urease C foram digeridos com a enzima Mbo I e os produtos da PCR para urease B com a enzima Hae III, sendo os fragmentos obtidos analisados por eletroforese em gel de agarose. Foram encontrados 7 padrões de genotipagem para urease B e 17 padrões para urease C. O grupo prevalente para gastrite crônica obtido com essa última genotipagem foi o denominado grupo ureC MboI G...

Diagnose de infecções pelo protozoário Theileria equi em cavalos nos Açores por cELISA e nested-PCR

Baptista, Cláudio Monteiro
Fonte: Universidade dos Açores Publicador: Universidade dos Açores
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em 27/06/2011 Português
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Dissertação de Mestrado em Engenharia Zootécnica.; Este estudo teve como objectivo averiguar a presença de cavalos portadores de T. equi em duas ilhas do arquipélago dos Açores. Para tal foram utilizados o cELISA e o nested-PCR. Foram colhidas 26 amostras na ilha Graciosa e 53 na ilha Terceira. Das amostras colhidas na ilha Terceira, 21 pertencem à população do Pónei da ilha Terceira, sendo que as restantes amostras colhidas nas duas ilhas são de cavalos importados do exterior do arquipélago ou descendentes destes. Foram ainda colhidas 162 amostras no continente português. Analisando a totalidade das amostras colhidas nos Açores, 7,6% dos animais apresentaram resultado positivo unicamente para o cELISA e 15,2% foram apenas positivos para o nested-PCR, 3,8% foram positivas para ambos os testes e 73,4% foram negativas para ambos os testes. Verificou-se ainda que todos os animais da população do Pónei da Terceira apresentaram resultados negativos para ambos os testes. Das amostras colhidas no continente português, 7,4% foram positivas unicamente para cELISA e 11,7% positivas apenas para nested-PCR, 18,5% foram positivas para ambos os métodos e 62,4% foram negativas para ambos os métodos. Este é o primeiro estudo a utilizar técnicas moleculares na diagnose de infecções por T. equi em cavalos nos Açores e o primeiro a registar cavalos portadores do parasita no arquipélago.; ABSTRACT: The objective of this study was to investigate the presence of carrier horses with T. equi in two islands of the Azorean archipelago. For such...

Nested-PCR do gene que codifica o antígeno b aplicada ao diagnóstico da tuberculose pulmonar

Lima,Karla Valéria Batista; Lopes,Maria Luíza; Loureiro,Edvaldo Carlos Brito; Costa,Maurimélia Mesquita; Cardoso,Ninarosa Calzavara; Lima,George Leandro Ferreira; Sousa,Maísa Silva
Fonte: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT Publicador: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/04/2007 Português
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A reação em cadeia da polimerase usada para amplificação de uma seqüência interna de um fragmento previamente amplificado (nested-PCR) foi investigada como uma alternativa complementar a pesquisa de bacilos álcool ácido resistentes e a cultura do Mycobacterium tuberculosis em meio de Lowenstein-Jensen. Foram investigadas 144 amostras de escarro de pacientes suspeitos de tuberculose encaminhados ao Laboratório de Tuberculose do Instituto Evandro Chagas em Belém, no período de junho de 2002 a dezembro de 2003. Das 144 amostras, 121 foram caracterizadas como tuberculose, 119 foram positivas na cultura, 95 na baciloscopia e 128 na nested-PCR. A sensibilidade da nested-PCR foi 96% (116/121), enquanto a especificidade foi 48% (11/23). A nested-PCR poderá ser uma ferramenta complementar para o diagnóstico da tuberculose, pois apresenta sensibilidade equivalente à cultura, no entanto, necessita de maiores avaliações visando minimizar o número de resultados falso-positivos.

A semi-nested PCR assay for molecular detection of Paracoccidioides brasiliensis in tissue samples

Koishi,Andrea Cristine; Vituri,Débora Fonseca; Dionízio Filho,Pedro Sebastião Raimundo; Sasaki,Alexandre Augusto; Felipe,Maria Sueli Soares; Venancio,Emerson José
Fonte: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT Publicador: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/12/2010 Português
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INTRODUCTION: Paracoccidioidomycosis is a systemic infection caused by Paracoccidioides brasiliensis. METHODS: In this study, a semi-nested PCR for paracoccidioidomycosis diagnosis was developed. The primers ITS1 and ITS4 were used in the first reaction, while the primers MJ03 and ITS1 primer were used in the second reaction. The semi-nested PCR was used to investigate biopsies of five patients with oral lesions that resembled paracoccidioidomycosis. RESULTS: The semi-nested PCR was positive for four samples and negative for a sample from a patient later diagnosed with leishmaniasis. CONCLUSIONS: The new semi-nested PCR describe is useful for paracoccidioidomycosis diagnosis.

Polymerase chain reaction and nested-PCR approaches for detecting Cryptosporidium in water catchments of water treatment plants in Curitiba, State of Paraná, Brazil

Osaki,Silvia Cristina; Soccol,Vanete Thomaz; Costa,Adriana Oliveira; Oliveira-Silva,Marcia Benedita; Pereira,Juliana Tracz; Procopio,Antonio Eduardo
Fonte: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT Publicador: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/06/2013 Português
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Introduction Cryptosporidium is an important protozoan cause of waterborne disease worldwide of concern to public health authorities. To prevent outbreaks of cryptosporidiosis, the monitoring of this parasite in drinking water is necessary. In the present work, the polymerase chain reaction (PCR) and nested-PCR techniques were used to detect Cryptosporidium in raw water from catchment points of four water treatment plants (WTP) in Curitiba, Paraná, Brazil. Methods First, DNA extraction techniques were tested in samples containing decreasing amount of oocysts in reagent water, and PCR and nested-PCR with specific primers for 18SSU rDNA of Cryptosporidium were conducted to determine their sensitivity. In reagent water, a commercial extraction kit provided the best analytical sensitivity, and PCR and nested-PCR allowed the detection of five and two oocysts, respectively, with the primers XIAOR/XIAOF and XIAO1F/XIAO2R. Results In the spiking experiments, only the PCR with the primers AWA995F/AWA1206R was successful at detecting concentrations of 0.1 oocysts/mL. Two catchments samples of raw water and/or water sludge from four WTPs were contaminated with Cryptosporidium. Conclusions The application of the techniques to monitor Cryptosporidium in water and detect contamination in water catchments of WTPs in Curitiba are discussed in the present work.

The performance of an in-house nested-PCR technique for pleural tuberculosis diagnoses

Montenegro,Lilian Maria Lapa; Silva,Bruno Cesar da; Lima,Juliana Figueiredo da Costa; Cruz,Heidi Lacerda Alves da; Montenegro,Rosana de Albuquerque; Lundgren,Fernando Luiz Cavalcanti; Albuquerque Filho,Alfredo Pereira Leite de; Schindler,Haiana Charifker
Fonte: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT Publicador: Sociedade Brasileira de Medicina Tropical - SBMT
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/10/2013 Português
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Introduction This study evaluated the performance of an in-house nested-PCR system for the detection of the Mycobacterium tuberculosis complex in pleural fluid, blood and urine samples from pleural effusion tuberculosis patients by health services physicians in Pernambuco, Brazil. Methods A prospective double-blind study with 37 hospitalized patients of both sexes, aged over 15, was used to investigate the diagnosis of pleural effusion. The criteria used to define the cases included the demonstration of bacillus in biological samples by smear or culture or by a granulomatous finding in the histopathological examination, associated with an evident response to specific treatments to each clinical situation. Pleural fluid, blood and urine samples were collected and subjected to routine tests and the nested PCR technique to assess for M. tuberculosis amplification. Results In total, 37 pleural effusion patients took part in the study, of whom 19 (51.3%) had tubercular etiologies and 18 (48.7%) had etiologies from other causes. When the pleural fluid, blood and/or urine sample in-house nested-PCR sensitivities were evaluated simultaneously, the results were positive regardless of the biological specimen (the sensitivity was 84.2%); however...

Malaria diagnosis from pooled blood samples: comparative analysis of real-time PCR, nested PCR and immunoassay as a platform for the molecular and serological diagnosis of malaria on a large-scale

Lima,Giselle FMC; Levi,José E; Geraldi,Marcelo P; Sanchez,Maria Carmen A; Segurado,Aluísio AC; Hristov,Angélica D; Inoue,Juliana; Costa-Nascimento,Maria de Jesus; Di Santi,Silvia M
Fonte: Instituto Oswaldo Cruz, Ministério da Saúde Publicador: Instituto Oswaldo Cruz, Ministério da Saúde
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/09/2011 Português
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66.56%
Malaria diagnoses has traditionally been made using thick blood smears, but more sensitive and faster techniques are required to process large numbers of samples in clinical and epidemiological studies and in blood donor screening. Here, we evaluated molecular and serological tools to build a screening platform for pooled samples aimed at reducing both the time and the cost of these diagnoses. Positive and negative samples were analysed in individual and pooled experiments using real-time polymerase chain reaction (PCR), nested PCR and an immunochromatographic test. For the individual tests, 46/49 samples were positive by real-time PCR, 46/49 were positive by nested PCR and 32/46 were positive by immunochromatographic test. For the assays performed using pooled samples, 13/15 samples were positive by real-time PCR and nested PCR and 11/15 were positive by immunochromatographic test. These molecular methods demonstrated sensitivity and specificity for both the individual and pooled samples. Due to the advantages of the real-time PCR, such as the fast processing and the closed system, this method should be indicated as the first choice for use in large-scale diagnosis and the nested PCR should be used for species differentiation. However...

Um protocolo de "nested-PCR" para detecção do vírus da anemia das galinhas

Simionatto,Simone; Lima-Rosa,Carlos André da Veiga; Rubin,Lauricio Librelotto; Canal,Cláudio Wageck
Fonte: Colégio Brasileiro de Patologia Animal - CBPA; Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA) Publicador: Colégio Brasileiro de Patologia Animal - CBPA; Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária (EMBRAPA)
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/06/2005 Português
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66.53%
Este trabalho descreve o estabelecimento de um pro!tocolo de "nested-PCR" para a detecção do vírus da anemia das galinhas (CAV, chicken anemia virus), agente causador da anemia infecciosa das galinhas. Para a extração de DNA a partir de amostras clínicas um método baseado no uso de tiocianato de guanidina mostrou-se mais sensível e prático, do que os demais avaliados. Para a PCR inicial foi selecionado um par de primers que amplifica uma região de 664 pares de bases (pb) do gene VP1. Para a "nested-PCR" propriamente dita, foi selecionado um segundo par que amplifica uma região interna de 520 pb. A especificidade dos primers foi avaliada utilizando amostras de lotes controlados para CAV. Outras trinta amostras vírus e bactérias, causadoras de doenças em aves, não geraram produto de amplificação. A sensibilidade do teste foi determinada a partir de diluições seriadas de uma amostra vacinal de CAV. A "nested-PCR" mostrou ser mais sensível do que a PCR e foi capaz de detectar pelo menos 0,16 TCID50% da cepa vacinal. Além disso, detectou DNA viral em tecidos, soro e cama aviária de lotes com e sem sinais clínicos. Conclui-se que, como técnica para a detecção do CAV, o protocolo de "nested-PCR" aqui descrito, é mais sensível...

Species-specific nested PCR as a diagnostic tool for Brucella ovis infection in rams

Costa,L.F.; Nozaki,C.N.; Lira,N.S.C.; Antunes,J.M.A.P.; Xavier,M.N.; Costa,E.A.; Paixão,T.A.; Santos,R.L.; Megid,J.
Fonte: Universidade Federal de Minas Gerais, Escola de Veterinária Publicador: Universidade Federal de Minas Gerais, Escola de Veterinária
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/02/2013 Português
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66.6%
The aim of the present study was to evaluate a species-specific nested PCR based on a previously described species-specific PCR for detection of B. ovis in semen and urine samples of experimentally infected rams. The performance of the species-specific nested PCR was compared with the results of a genus-specific PCR. Fourteen rams were experimentally infected with the Brucella ovis REO 198 strain and samples of semen and urine were collected every week up to 180 days post infection. Out of 83 semen samples collected, 42 (50.6%) were positive for the species-specific nested PCR, and 23 (27.7%) were positive for the genus-specific PCR. Out of 75 urine samples, 49 (65.3%) were positive for the species-specific nested PCR, whereas 11 (14.6%) were genus-specific PCR positive. Species-specific nested PCR was significantly more sensitive (P<0.001) than the genus-specific PCR in semen and urine from experimentally infected rams. In conclusion, the species-specific nested PCR developed in this study may be used as a diagnostic tool for the detection of B. ovis in semen and urine samples from suspected rams.

Diagnosis of neonatal group B Streptococcus sepsis by nested-PCR of residual urine samples

Cezarino,Bruno Nicolino; Yamamoto,Lidia; Del Negro,Gilda Maria Barbaro; Rocha,Daisy; Okay,Thelma Suely
Fonte: Sociedade Brasileira de Microbiologia Publicador: Sociedade Brasileira de Microbiologia
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/03/2008 Português
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66.53%
Group B streptococcus (GBS) remains the most common cause of early-onset sepsis in newborns. Laboratory gold-standard, broth culture methods are highly specific, but lack sensitivity. The aim of this study was to validate a nested-PCR and to determine whether residue volumes of urine samples obtained by non invasive, non sterile methods could be used to confirm neonatal GBS sepsis. The nested-PCR was performed with primers of the major GBS surface antigen. Unavailability of biological samples to perform life supporting exams, as well as others to elucidate the etiology of infections is a frequent problem concerning newborn patients. Nevertheless, we decided to include cases according to strict criteria: newborns had to present with signs and symptoms compatible with GBS infection; at least one of the following biological samples had to be sent for culture: blood, urine, or cerebrospinal fluid; availability of residue volumes of the samples sent for cultures, or of others collected on the day of hospitalization, prior to antibiotic therapy prescription, to be analyzed by PCR; favorable outcome after GBS empiric treatment. In only one newborn GBS infection was confirmed by cultures, while infection was only presumptive in the other three patients (they fulfilled inclusion criteria but were GBS-culture negative). From a total of 12 biological samples (5 blood...

Evaluation of a nested-pcr for Mycobacterium tuberculosis detection in blood and urine samples

Cruz,Heidi Lacerda Alves da; Montenegro,Rosana de Albuquerque; Lima,Juliana Falcão de Araújo; Poroca,Diogo da Rocha; Lima,Juliana Figueirêdo da Costa; Montenegro,Lílian Maria Lapa; Crovella,Sergio; Schindler,Haiana Charifker
Fonte: Sociedade Brasileira de Microbiologia Publicador: Sociedade Brasileira de Microbiologia
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/03/2011 Português
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66.56%
The polymerase chain reaction (PCR) and its variations, such as the nested-PCR, have been described as promising techniques for rapid diagnosis of tuberculosis (TB). With the aim of evaluating the usefulness of a nested-PCR method on samples of blood and urine of patients suspected of tuberculosis we analyzed 192 clinical samples, using as a molecular target the insertion element IS6110 specific of M. tuberculosis genome. Nested-PCR method showed higher sensitivity in patients with extrapulmonary tuberculosis (47.8% and 52% in blood and urine) when compared to patients with the pulmonary form of the disease (sensitivity of 29% and 26.9% in blood and urine), regardless of the type of biological sample used. The nested-PCR is a rapid technique that, even if not showing a good sensitivity, should be considered as a helpful tool especially in the extrapulmonary cases or in cases where confirmatory diagnosis is quite difficult to be achieved by routine methods. The performance of PCR-based techniques should be considered and tested in future works on other types of biological specimens besides sputum, like blood and urine, readily obtainable in most cases. The improving of M. tuberculosis nested-PCR detection in TB affected patients will give the possibility of an earlier detection of bacilli thus interrupting the transmission chain of the disease.

Direct detection of Mycobacterium tuberculosis complex in bovine and bubaline tissues through nested-PCR

Araújo,Cristina P.; Osório,Ana Luiza A.R.; Jorge,Klaudia S.G.; Ramos,Carlos A.N.; Souza Filho,Antonio F.; Vidal,Carlos E.S.; Vargas,Agueda P.C.; Roxo,Eliana; Rocha,Adalgiza S.; Suffys,Philip N.; Fonseca Júnior,Antônio A.; Silva,Marcio R.; Barbosa Neto
Fonte: Sociedade Brasileira de Microbiologia Publicador: Sociedade Brasileira de Microbiologia
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/06/2014 Português
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Post-mortem bacterial culture and specific biochemical tests are currently performed to characterize the etiologic agent of bovine tuberculosis. Cultures take up to 90 days to develop. A diagnosis by molecular tests such as PCR can provide fast and reliable results while significantly decreasing the time of confirmation. In the present study, a nested-PCR system, targeting rv2807, with conventional PCR followed by real-time PCR, was developed to detect Mycobacterium tuberculosis complex (MTC) organisms directly from bovine and bubaline tissue homogenates. The sensitivity and specificity of the reactions were assessed with DNA samples extracted from tuberculous and non-tuberculous mycobacteria, as well as other Actinomycetales species and DNA samples extracted directly from bovine and bubaline tissue homogenates. Regarding the analytical sensitivity, DNA of the M. bovis AN5 strain was detected up to 1.5 pg by nested-PCR, whereas DNA of M. tuberculosis H37Rv strain was detected up to 6.1 pg. The nested-PCR system showed 100% analytical specificity for MTC when tested with DNA of reference strains of non-tuberculous mycobacteria and closely-related Actinomycetales. A clinical sensitivity level of 76.7% was detected with tissues samples positive for MTC by means of the culture and conventional PCR. A clinical specificity of 100% was detected with DNA from tissue samples of cattle with negative results in the comparative intradermal tuberculin test. These cattle exhibited no visible lesions and were negative in the culture for MTC. The use of the nested-PCR assay to detect M. tuberculosis complex in tissue homogenates provided a rapid diagnosis of bovine and bubaline tuberculosis.

Nested-PCR do gene que codifica o ant?geno b aplicada ao diagn?stico da tuberculose pulmonar

LIMA, Karla Val?ria Batista; LOPES, Maria Lu?za; LOUREIRO, Edvaldo Carlos Brito; COSTA, Maurim?lia Mesquita; CARDOSO, Ninarosa Calzavara; LIMA, George Leandro Ferreira; SOUSA, Ma?sa Silva de
Fonte: Universidade Federal do Pará Publicador: Universidade Federal do Pará
Tipo: Artigo de Revista Científica
Português
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A rea??o em cadeia da polimerase usada para amplifica??o de uma seq??ncia interna de um fragmento previamente amplificado (nested-PCR) foi investigada como uma alternativa complementar a pesquisa de bacilos ?lcool ?cido resistentes e a cultura do Mycobacterium tuberculosis em meio de Lowenstein-Jensen. Foram investigadas 144 amostras de escarro de pacientes suspeitos de tuberculose encaminhados ao Laborat?rio de Tuberculose do Instituto Evandro Chagas em Bel?m, no per?odo de junho de 2002 a dezembro de 2003. Das 144 amostras, 121 foram caracterizadas como tuberculose, 119 foram positivas na cultura, 95 na baciloscopia e 128 na nested-PCR. A sensibilidade da nested-PCR foi 96% (116/121), enquanto a especificidade foi 48% (11/23). A nested-PCR poder? ser uma ferramenta complementar para o diagn?stico da tuberculose, pois apresenta sensibilidade equivalente ? cultura, no entanto, necessita de maiores avalia??es visando minimizar o n?mero de resultados falso-positivos.; ABSTRACT: The polymerase chain reaction used for amplifying an internal sequence of a previously amplified fragment (nested-PCR) was investigated as a complementary alternative for searching for alcohol-acid resistant bacilli and Mycobacterium tuberculosis cultures in Lowenstein-Jensen medium. 144 sputum samples were investigated from patients with suspected tuberculosis that were sent to the Tuberculosis Laboratory of the Evandro Chagas Institute in Bel?m...

Sensitivität von Färbemethoden und einer Nested-PCR zum Nachweis von Histoplasma capsulatum im Gewebe experimentell infizierter Mäuse; Sensitivity of staining methods and a nested PCR assay to detect histoplasma capsulatum in tissue sections of experimentally infected mice

Lerchner-Ernst, Friederike Ingeborg Charlotte
Fonte: Universidade de Tubinga Publicador: Universidade de Tubinga
Tipo: Dissertação
Português
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Um die Diagnose einer Infektion mit Histoplasma capsulatum zu optimieren, wurden 30 Milzen von mit Histoplasma capsulatum infizierten Mäusen mit der HE-Färbung, der Grocott-Färbung, einer BCG-Antikörper-Färbung und einer Fluoreszenzfärbung mit Fungiqual A sowie einer Nested-PCR untersucht. Die Ergebnisse wurden mit den Erregerkonzentrationen pro Organ verglichen, die mit Hilfe einer quantitativen Kultivierung ermittelt worden waren. Mit Hilfe der logistischen Regression wurde die Nested-PCR als die sensitivste Methode ermittelt, allerdings stellte sich heraus, dass sie nicht signifikant sensitiver ist als die Grocott-Färbung. Die Fluoreszenzfärbung und die Grocott-Färbung waren ebenfalls nicht signifikant verschieden in Bezug auf die Sensitivität. Beide Färbungen waren signifikant sensitiver als die HE-Färbung und die Immunhistologie, die sich in Bezug auf Sensitivität nicht signifikant voneinander unterschieden. Die Nested-PCR war die einzige Methode, die eine spezies-spezifische Diagnose ermöglichte.; To optimize diagnosis of histoplasmosis in tissue sections, 30 spleen specimens from mice, infected with Histoplasma capsulatum, were examined by H&E , Grocott stain, anti-bacille antibody immunostain, Fungiqual A fluorochrome stain...