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Análise proteômica em urina e rim de ratos submetidos a tratamento crônico com flúor; Proteomic analysis of urine kidney in fluoride-treated rat

Kobayashi, Cláudia Ayumi Nakai
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 08/02/2008 Português
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37.401167%
Metodologia proteômica baseada em eletroforese bi-dimensional (2D-PAGE) foi usada para auxiliar no entendimento dos mecanismos moleculares envolvidos na injúria renal induzida pelo flúor (F) e definir biomarcadores potenciais para fluorose. Três grupos de ratos Wistar machos recém-desmamados (21 dias de vida) foram tratados com água de beber contendo 0 (controle), 5 ou 50 ppm F, por 60 dias (n=6/grupo). Durante o período experimental, os animais foram mantidos individualmente me gaiolas metabólicas, a fim de que o consumo de água e ração fosse avaliado, bem como as excreções urinária e fecal de F. Os animais foram mortos e o rim esquerdo e o soro foram coletados para análises histopatológica e de F, respectivamente. Para análise proteômica foram coletados o rim direito e a urina (no dia anterior ao sacrifício, num coquetel contendo inibidores de protease em gelo). Após o isolamento das proteínas, os perfis proteômicos renal e urinário foram examinados usando 2D-PAGE e coloração com azul de Coomassie brilhante. Foi possível detectar uma doseresposta em relação à ingestão e excreção de F, bem como em relação aos níveis de F presentes no soro e nos rins dos animais. As análises histológicas não revelaram danos aos rins induzidos pelo F...

Análise proteômica em fígado de ratos submetidos à exposição crônica ao flúor; Proteomic analysis of liver in rats chronically exposed to fluoride

Pereira, Heloisa Aparecida Barbosa da Silva
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 24/03/2011 Português
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37.401167%
O recente desenvolvimento de técnicas proteômicas tem permitido a análise do perfil proteico completo dos sistemas biológicos, permitindo um melhor entendimento da fisiologia normal do organismo, bem como dos mecanismos de doenças, descoberta de biomarcadores para detecção precoce de doenças, identificação de novas terapias e descobertas de fármacos. No presente trabalho, a análise proteômica foi usada para auxiliar no entendimento dos mecanismos moleculares envolvidos na intoxicação induzida pelo fluoretono fígado de ratos e definir biomarcadores potenciais de toxicidade. Três grupos de ratos Wistar machos recém-desmamados (21 dias de vida) foram tratados ad libitum com água de beber contendo 0 (controle), 5 ou 50 mg/L de fluoreto, por 60 dias (n=6/grupo). Os animais foram eutanasiados e o fígado e o soro foram coletados. O fígado foi dividido em lobos, sendo que o esquerdo foi destinado à dosagem de fluoreto (eletrodo íon-sensível, após difusão facilitada por hexametildisiloxano), o direito à análise histológica (hematoxilina e eosina) e o mediano, à análise proteômica (eletroforese bidimensional associada a LC-MS/MS). Os dados foram analisados por ANOVA e teste de Tukey (p<0,05). Foi possível detectar uma dose-resposta em relação à ingestão para os níveis de fluoreto presentes no soro e no fígado houve diferença significativa entre os grupos que receberam 5 e 50 mg/L de fluoreto. A análise morfométrica histológica não revelou alterações nas estruturas celulares e exame o morfológico indicou inclusões lipídicas nos grupos 5 mg/L e 50 mg/L de fluoreto...

Efeito do fluoreto no osso de camundongos com diferentes susceptibilidades genéticas à fluorose: uma análise proteômica; Effect of fluoride on bone of mice with different genetic susceptibilities to fluorosis: a proteomic analysis

Kobayashi, Claudia Ayumi Nakai
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 05/06/2012 Português
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Tem sido demonstrado que fatores genéticos influenciam a resposta do osso e esmalte ao fluoreto (F), mas os mecanismos moleculares envolvidos não estão bem definidos. No presente estudo, foi empregada uma abordagem proteômica livre de marcadores para identificar e avaliar alterações na expressão de proteínas ósseas em duas linhagens de camundongos com diferentes susceptibilidades à fluorose (A/J susceptível e 129P3/J resistente). Camundongos machos das linhagens 129P3/J e A/J foram distribuídos em três grupos para cada linhagem, que receberam ração com baixa concentração de F e água de beber contendo 0, 10 e 50 ppm F por 8 semanas. A concentração de F foi analisada no plasma e fêmur. A atividade da fosfatase alcalina foi dosada no plasma. Fêmur, tíbia e vértebra lombar foram submetidos à análise por micro-CT. A taxa de aposição mineral (MAR) também foi avaliada no osso cortical dos camundongos. Em adição, eletroforese unidimensional e cromatografia líquida - espectrometria de massas sequencial (LC-ESI-MS/MS) foram utilizadas para identificar e caracterizar as proteínas de fêmur da linhagem 129P3/J. Para análise proteômica quantitativa, proteínas ósseas foram extraídas para cada grupo empregando quatro diferentes etapas: (a) tampão PBS (pH 7...

Patogênese da endomiocardiofibrose: perfil imunológico e análise proteômica de tecido cardíaco; Endomyocardial fibrosis pathogenesis: Immunological profile and proteomics analysis of cardiac tissue

Bossa, Aline Siqueira
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 30/07/2013 Português
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37.290342%
INTRODUÇÃO: A endomiocardiofibrose (EMF) é uma doença típica de países tropicais, na qual ocorre a deposição de uma capa fibrosa na região endomiocárdica com graves consequências clínicas. A patogenia da EMF ainda não foi elucidada, mas uma das principais hipóteses etiológicas sugere que a EMF seja consequência de um processo inflamatório crônico com envolvimento de respostas imunes Th2 pós-infestação helmíntica, mediada por eosinófilos nas fases iniciais da doença. Neste estudo avaliamos o perfil da resposta imune e inflamatória, assim como o perfil de proteínas expressas no endomiocárdio afetado, para compreender melhor os mecanismos envolvidos na patogênese da EMF. MÉTODOS: Foram coletadas amostras de plasma e soro de pacientes com diagnóstico de EMF e de indivíduos saudáveis, para dosagens de 6 citocinas plasmáticas do perfil Th1/Th2, Proteína C Reativa ultrassensível (PCRus), IgE total e IgE específico contra aero-alérgenos prevalentes e alérgenos de helmintos. A análise proteômica do endomiocárdio afetado de quatro pacientes com EMF submetidos à ressecção cirúrgica da fibrose, levou à identificação por espectrometria de massas, de proteínas separadas previamente por gel 1D e 2D. Análises in silico de vias funcionais e redes ligando as proteínas identificadas também foram realizadas. Eosinofilia em sangue periférico...

Determinação da composição da película adquirida formada in situ sobre o esmalte e dentina humanos através de análise proteômica; Determination of the composition of the acquired pellicle formed in situ on human enamel and dentin: proteomic study

Bellini, Melina Rodrigues
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 18/10/2013 Português
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A película adquirida (PA) é um filme formado pela adsorção seletiva de proteínas, glicoproteínas e lipídeos à superfície dentária. A presença de proteínas na PA forma uma interface protetora sobre a superfície do dente, participando em todos os eventos interfaciais que ocorrem na cavidade bucal, tais como des- e remineralização, lubrificação das superfícies dos dentes, e aderência bacteriana. Com o advento da proteômica, tem havido um aumento considerável no conhecimento acerca do perfil proteico de PAs adquiridas formadas sobre o esmalte dentário, em diferentes situações, mas nenhum trabalho até o momento descreveu o perfil proteômico de PAs formadas sobre a dentina. Este estudo foi pioneiro em comparar o perfil proteico de PAs formadas in situ sobre o esmalte e a dentina, nos tempos de 10 minutos e 2 horas, utilizando análise proteômica quantitativa livre de marcadores. Os experimentos foram realizados por três dias consecutivos. Em cada dia, os 9 voluntários receberam profilaxia dentária e em seguida utilizaram um aparelho vestibular com 6 blocos de esmalte e 6 de dentina humanos por 10 minutos ou 2 horas. Após esses períodos, a PA formada era coletada com auxílio de um papel filtro de eletrodos embebido em ácido cítrico 3%. Para as análises foi realizado um pool com os papéis dos 9 voluntários de todos os dias...

Análise proteômica da matriz do esmalte nos estágios de secreção e maturação em camundongos susceptíveis ou resistentes à fluorose dentária, expostos cronicamente ao fluoreto através da água de beber; Proteomic analysis of secretory and maturation-stage enamel matrix in mice susceptible or resistant to dental fluorosis, chronically exposed to fluoride in the drinking water

Charone, Senda
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 11/10/2013 Português
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37.401167%
Análise proteômica da matriz do esmalte nos estágios de secreção e maturação em camundongos susceptíveis ou resistentes à fluorose dentária, expostos cronicamente ao fluoreto através da água de beber. Os mecanismos pelos quais a ingestão excessiva de fluoreto (F) durante a amelogênese levam à fluorose dentária ainda não são precisamente conhecidos. Tem sido demonstrado que determinadas linhagens de camundongos são mais susceptíveis que outras à fluorose dentária, o que faz destas linhagens o modelo ideal para se estudarem os fenômenos moleculares envolvidos nesta patologia. No presente estudo, foi empregada uma abordagem proteômica para avaliar alterações na expressão de proteínas da matriz do esmalte dentário nos estágios de secreção e maturação, em duas linhagens de camundongos com diferentes susceptibilidades à fluorose (A/J, susceptível e 129P3/J, resistente). Camundongos de ambos os gêneros, representantes das linhagens 129P3/J (n=200) e A/J (n=200) foram distribuídos em dois grupos para cada linhagem, que receberam ração com baixa concentração de F e água de beber contendo 0 (controle) ou 50 mg/L F por 6 semanas. A concentração de F foi analisada no plasma e no esmalte dos incisivos. Para a análise proteômica...

Análise proteômica diferencial do biofilme de histoplasma capsulatum e implicações na interação fungo-hospedeiro

Pitangui, Nayla de Souza
Fonte: Universidade Estadual Paulista (UNESP) Publicador: Universidade Estadual Paulista (UNESP)
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: 127 f. : il., grafs. + anexo
Português
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); Pós-graduação em Biociências e Biotecnologia Aplicadas à Farmácia - FCFAR; Histoplasma capsulatum var. capsulatum é um fungo dimórfico que causa a histoplasmose, uma micose respiratória e sistêmica. H. capsulatum é primariamente adquirido após a exposição ao aerosol, pela inalação de microconídeos ou fragmentos de hifas. A evolução da doença respiratória depende da capacidade da levedura de Histoplasma em sobreviver e se replicar dentro dos macrófagos alveolares. Neste contexto, é conhecido que a adesão às células do hospedeiro constitui o primeiro passo para a colonização e é essencial para o estabelecimento da infecção. Em vista disso, alguns microrganismos aderem às superfícies biológicas e não biológicas formando biofilmes. Biofilmes são comunidades dinâmicas de microrganismos, que aderidos às superfícies, produzem uma matriz exopolimérica e essa formação representa um estado que permite que as células microbianas sobrevivam em ambientes hostis e dispersem para colonizar novos nichos. Com base na importância potencial de biofilmes para sua sobrevivência no hospedeiro humano e na natureza, este trabalho foi desenvolvido para investigar pela primeira vez a formação de biofilme por H. capsulatum correlacionando com sua capacidade em aderir às células epiteliais...

Análise proteômica em neurofibromatose tipo 1

Marqui, Alessandra Bernadete Trovó de
Fonte: Universidade Estadual Paulista (UNESP) Publicador: Universidade Estadual Paulista (UNESP)
Tipo: Tese de Doutorado Formato: 118 f. : il.
Português
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Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP); Pós-graduação em Genética - IBILCE; A Neurofibromatose Tipo 1 (NF1) é uma doença autossômica dominante causada por mutações no gene NF1, responsável pela síntese da proteína neurofibromina. Muitos estudos publicados sobre NF1 têm focado as alterações desse gene e de seu produto em indivíduos afetados, mas as análises de expressão protéica são escassas. No presente estudo, nós investigamos diferenças quantitativas e qualitativas da expressão de proteínas entre amostras de neurofibroma e pele adjacente histologicamente normal, utilizando abordagem proteômica. As proteínas de neurofibroma e pele normal foram separadas por eletroforese bidimensional (2-DE) e identificadas por peptide mass fingerprinting, utilizando espectrometria de massas por dessorção e ionização a laser auxiliada por matriz com base no tempo de vôo (MALDI-TOF). Cinco proteínas foram identificadas: a caspase 14 e a proteína de choque térmico 27/HSP 27, que exibiram expressão reduzida em neurofibromas; a imunoglobulina, a flavina redutase e a proteína de ligação a fosfatidiletanolamina/PEBP, com expressão elevada em neurofibromas. Do nosso conhecimento, este é o primeiro relato de análise comparativa de neurofibromas e pele normal de pacientes com neurofibromatose tipo 1. Das proteínas identificadas...

Estudo teorico e experimental de proteomica estrutural por espectrometria de massas acoplada a ligação cruzada; Experimental and theoretical study of structural proteomics by mass spectrometry coupled to cross-linking

Alana dos Reis Figueiredo
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 25/02/2010 Português
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A espectrometria de massas (MS) desempenha um papel fundamental na proteômica, pois permite a identificação de proteínas, seqüenciamento de peptídeos, determinação de modificações pós-traducionais e análise quantitativa de expressão. Além das análises envolvendo a estrutura primária, há um grande interesse em se aplicar MS para análise de estruturas superiores (terciárias e quaternárias) de proteínas e uma das abordagens promissoras nesta área é a MS acoplada à ligação cruzada. Nesta abordagem, um reagente bifuncional liga covalentemente resíduos de aminoácidos espacialmente próximos e a distância máxima entre esses resíduos é dado pelo tamanho do agente de ligação cruzada (ALC). Nesse trabalho avaliou-se a extensão e exatidão das distâncias interresíduos tanto por simulações de dinâmica molecular quanto por experimentos de MS. As faixas de distâncias calculadas mostram que há sempre uma distância mínima entre resíduos ao qual o ALC pode se ligar, além de determinar o valor máximo para cada um dos ALC estudados (DSG, DSS e DSSeb). Os dados experimentais com proteínas modelo (Ubiquitina, Citocromo C e Mioglobina) mostraram ainda que todos dos peptídeos que apresentavam ligações cruzadas estavam dentro da faixa de alcance determinadas pelas simulações de dinâmica molecular...

Análise proteômica das respostas agudas e crônicas ao exercício de endurance no músculo esquelético de ratos; Proteomic investigation of the acute and chronic changes in rat skeletal muscle in reseponse to endurence exercise

Paulo Guimarães Gandra
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 30/04/2010 Português
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A presente tese apresenta os resultados de dois estudos utilizando análise proteômica, sobre os efeitos agudos e crônicos do exercício de endurance no músculo de ratos. No primeiro estudo foram coletadas amostras de gastrocnemio de animais controle não exercitados, e exercitados em teste incremental de media duração em esteira ate a exaustão. Os ratos foram sacrificados 3h e 24h após o exercício. Utilizamos a abordagem clássica da análise proteômica quantitativa, que utiliza a eletroforese bidimensional (2DE) para separação das proteínas, e a espectrometria de massas para identificação destas proteínas. Seis spots apresentaram alterações significativas no volume relativo. Os spots identificados como gliceraldeido-3-fosfato desidrogenase, triose fosfato isomerase 1, subunidade beta da piruvato desidrogenase E1, carnitina palmitoil transferase 2 e HSC70 mostraram-se mais abundantes apos o exercício. Já o spot identificado como α-actina mostrou-se menos abundante apos o exercício. Estes resultados sugerem que um único estímulo de endurance em animais destreinados não estimula a síntese de proteínas miofibrilares, mas sim de proteínas sarcoplasmáticas e mitocondriais. Essas alterações no músculo destreinado serviriam para precondicionar o músculo para realização de um exercício subsequente. No segundo estudo apresentamos a análise proteômica da porção vermelha (GV) e branca (GB) do gastrocnemio de ratos controle não treinados (C)...

Ferramentas de bioinformática para proteômica; Bioinformatics tools for proteomics

Itaraju Junior Baracuhy Brum
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 23/07/2007 Português
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A área de proteômica visa estudar um conjunto completo de proteínas expressas por um organismo ou tecido numa dada situação, através da identificação e quantificação. Apesar de limitações nas técnicas disponíveis, vem se aumentando o volume de informações oriundos desta área, situação que exige o emprego de ferramentas computacionais para permitir o uso eficiente de dados disponíveis, além de buscar-se novas formas de análise destes. Este projeto visa o desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para aplicação em proteômica. Estas ferramentas abrangem as seguintes aplicações: Cálculo Teórico de Ponto Isoelétrico e Peso Molecular de seqüências de aminoácidos, eletroforese-bidimensional teórica, digestão teórica e simulação de eletroforese e identificação de peptídeos, ferramenta para análise de Vias Metabólicas a partir de dados de proteômica; The proteomics field aims to study sets of proteins expressed in a cell or tissue, according to a specific situation, through protein identification and quantification. Though technical limitations do exist, the amount of information derived from this field increases each day. And so, there is a need for employing computational tools that enable efficient analysis of data. This project aims developing bioinformatics tools for application in proteomics. The tools here presented comprehend the following tasks: theoretical computation of isoeletric point and molecular weight of aminoacid sequences...

Caracterização proteômica de possíveis efeitos pleiotrópicos em milho geneticamente modificado (MON810)

Agapito-Tenfen, Sarah Zanon
Fonte: Florianópolis, SC Publicador: Florianópolis, SC
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: 103 p.| il., grafs., tabs.
Português
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Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2011; Estudos de biossegurança que comparam OGMs e não-OGMs geralmente compreendem características agronômicas/fenotípicas, composição nutricional e bromatologia. No entanto, técnicas que analisam um perfil molecular do OGM (molecular profiling techniques) podem facilitar uma análise comparativa mais completa e holística. Essa abordagem envolve diversas tecnologias, entre as quais destaca-se a proteômica. Desta forma, focando os eventuais riscos inerentes à transformação genética de plantas, nosso trabalho buscou caracterizar possíveis efeitos pleiotrópicos em híbridos comerciais de milho transgênico Bt (Evento MON810) comercializados e cultivados em Santa Catarina, Brasil. Para tanto, utilizou-se a técnica de eletroforese bidimensional para análise comparativa e diferencial de perfis protéicos de folhas de milhos transgênicos em comparação a sua versão não-transgênica (isogenica). Também, objetivou-se detectar a proteína CRY1Ab expressa nos mesmos híbridos. Mais além, buscou-se avaliar algumas técnicas e metodologias para tal estudo...

Embriogênese somática, metilação do DNA e proteômica em quatro genótipos de Theobroma cacao L. do Equador

Quinga, Liliana Alexandra Pila
Fonte: Universidade Federal de Santa Catarina Publicador: Universidade Federal de Santa Catarina
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: 121 p.| il., grafs., tabs.
Português
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Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais, Florianópolis, 2013.; O cacaueiro (Theobroma cacao L.) é uma espécie tropical com tem um elevado valor económico, é o principal elemento na produção de chocolate o alto conteúdo de polifenóis o há posicionado como um produto antioxidante. O cacaueiro a além de ser um dos principais componentes econômicos nas regiões onde é cultivado exerce também um importante papel na preservação ambiental. No entanto, às características botânicas que esta espécie apresenta, associadas a um alto grau de auto-incompatibilidade, os plantios comerciais apresentam alta heterozigosidade genética, afetando diretamente a produtividade do seu cultivo, gerando assim a necessidade dos melhores genótipos serem propagados assexuadamente. Por estão razão, a embriogênese somática se configura como alternativa eficiente para a propagação de genótipos elite, permitindo a captura e fixação de ganhos genéticos. A técnica de cultura de tecidos, como a embriogênese somática tem sido rotineiramente usada tanto como uma técnica de propagação clonal de plantas, bem como um modelo válido para investigar eventos estruturais...

Aplicação de transcriptômica e proteômica como avaliação complementar de alimentos através de análise multivariada

Mello, Carla Souza de
Fonte: Universidade Federal de Santa Catarina Publicador: Universidade Federal de Santa Catarina
Tipo: Tese de Doutorado Formato: 143 p.| il., grafs., tabs.
Português
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Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias, Programa de Pós-Graduação em Ciência dos Alimentos, Florianópolis, 2014.; A crescente presença de novos produtos alimentícios no mercado desperta discussões relacionadas à segurança de alimentos. Cada país ou região tem suas próprias leis para liberação de novos alimentos para consumo, porém existe um consenso internacional no que diz respeito às regulamentações para segurança do consumo destes produtos, inclusive de alimentos provenientes de tecnologia de DNA recombinante. O conceito de equivalência substancial tem sido utilizado com este fim, fundamentado no fato de que os alimentos já existentes no comércio são admitidos como seguros para o consumo e servem como base para comparação por meio e análises de componentes específicos. Apesar de convenientes, estas análises-alvo são bastante limitadas por pesquisarem a presença de somente alguns elementos previamente conhecidos. Deste modo, abordagens mais completas para avaliação de alimentos têm sido propostas, como análises transcriptômica e proteômica. Como estas análises geram um grande volume de dados, enfoques utilizando análise estatística multivariada têm sido sugeridos para interpretação dos resultados. Neste trabalho verificou-se a aplicação de ferramentas estatísticas multivariadas para análises transcriptômica (microarranjo) e proteômica (eletroforese bidimensional) com vistas à sua utilização como análise complementar na avaliação de segurança de novos alimentos. Para isso...

Análise transcritômica e proteômica da interação Musa acuminata x Mycosphaerella musicola; Transcriptomics and proteomics analysis of the interaction M. acuminata x M. musicola

Passos, Marco Aurélio Ninômia
Fonte: Universidade de Brasília Publicador: Universidade de Brasília
Tipo: Tese
Português
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Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas,Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2014.; A Sigatoka Amarela em banana (Musa spp.), causada pelo fungo Mycosphaerellamusicola, provoca desordem significativa de área foliar e amadurecimento prematuro do fruto. O desenvolvimento de genótipos resistentes a fungos patogênicos é de fundamental importância. A fim de desenvolver um recurso de genômica funcional para essa cultura oferencendo compreensão sobre os mecanismos moleculares das respostas de Musa a estresses bióticos, foi realizado um estudo de pirosequenciamento do transcritoma de Musa acuminata utilizando genótipos contrastantes em resistência ao patógeno M. musicola. Amostras de RNA total foram preparadas a partir do material foliar dos genótipos Calcutta 4 (resistente) e Cavendish Grande Naine (suscetível), ambos não infectados (controles não inoculados) e artificialmente desafiados com o patógeno. O estudo gerou 978.133 seqüências de alta qualidade, com um comprimento médio de 334pb e totalizando 466Mb, das quatro bibliotecas de cDNAseqüenciadas usando o 454 GS-FLX Titanium. A montagem de novo gerou 36.384 e 35.269 seqüênciasunigenes de M. acuminataCalcutta 4 e Cavendish Grande Naine...

OralOme - o contributo dos microrganismos revelado por estudos de proteómica

Pereira, Maria dos Reis Serafim
Fonte: Universidade Católica Portuguesa Publicador: Universidade Católica Portuguesa
Tipo: Dissertação de Mestrado
Publicado em 07/07/2013 Português
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O biofilme oral constitui um dos mais complexos ecossistemas existentes em superfícies biológicas. A sua complexidade deve-se à presença de um vasto número de bactérias que sintetizam proteínas com capacidade para interagir entre si, com as proteínas do hospedeiro e com o meio ambiente. As proteínas presentes na saliva e no biofilme oral desempenham funções específicas, que se traduzem num equilíbrio dinâmico deste ecossistema microbiológico, tornando-se essencial a sua identificação para a compreensão do mesmo. A recente ferramenta bioinformática OralCard permite integrar e visualizar os dados de proteómica da cavidade oral existentes, de forma interpretativa e organizada. Na base de dados desta ferramenta existem apenas 1346 proteínas de origem microbiana identificadas na da cavidade oral. As restantes proteínas microbianas presentes nestas amostras não conseguem ser detetadas com as abordagens tradicionais utilizadas. Este trabalho tem como objectivo utilizar dados de estudos de proteómica de identificação de proteínas expressas pelas bactérias presentes na cavidade oral in vitro para completar a base de dados OralOme. Da análise realizada foram obtidas 9818 proteínas que foram brevemente descritas e adicionadas à base de dados OralOme que suporta o OralCard. Além da atualização da base de dados OralOme este trabalho permitiu ainda concluir que: i) a identificação de proteínas expressas pelas bactérias em cultura é superior à obtida na análise de amostras de tecidos orais; ii) o género para o qual foram identificadas mais proteínas foi Streptococcus e a espécie que tem mais proteínas presentes é Porphyromonas gingivalis; iii) as espécies nas quais foram catalogadas mais proteínas estão na sua maioria associadas a patologias orais e/ou sistémicas e iv) a anotação ontológica das proteínas bacterianas é ainda pouco específica havendo muitas proteínas com classificações genéricas e pouco informativas.; The Oral Biofilm is one of the most complex ecosystems on biological surfaces. Its complexity is due to the presence of a large number of bacteria in the oral cavity...

Abordagem proteômica para estudos de fotobiologia e fotoinativação de fungos; Proteomic approaches to studying fungal photobiology and photoinactivation

Brancini, Guilherme Thomaz Pereira
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 11/08/2015 Português
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A proteômica é uma técnica muito importante e amplamente utilizada na elucidação de diversos mecanismos biológicos. Essa técnica pode ser usada, por exemplo, na avaliação da resposta celular a estímulos ou na determinação de modificações proteicas resultantes de um tratamento. Neste trabalho, a abordagem proteômica foi utilizada em dois sistemas diferentes: (1) na elucidação da resposta à luz no fungo Metarhizium acridum e (2) na determinação dos danos proteicos causados pelo tratamento fotodinâmico da levedura Candida albicans. (1) O fungo entomopatogênico M. acridum, quando crescido na presença de luz, produz conídios com elevada tolerância à radiação ultravioleta-B (290-315 nm). Essa elevada resistência é altamente desejada para aplicação de M. acridum no controle biológico de pragas na agricultura. É possível que esse fenômeno seja decorrente do acúmulo diferencial de proteínas nos conídios produzidos na presença de luz em comparação com aqueles produzidos no escuro. Assim, foi utilizada uma abordagem proteômica para determinar quais proteínas poderiam estar diferencialmente acumuladas nos conídios. Os resultados mostraram que, de um total de 501 proteínas identificadas, somente quatro estavam diferencialmente acumuladas. Apesar de não ser possível estabelecer uma relação clara entre o acúmulo dessas proteínas e a elevada tolerância à radiação ultravioleta-B...

Proteômica baseada em espectrometria de massas na descoberta de candidatos à biomarcadores em câncer e na identificação de novos alvos de ADAM17; Using mass spectrometry-based proteomics to discover cancer candidate biomarkers and to identify novel ADAM17 substrates

Rebeca Kawahara
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 28/04/2015 Português
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A espectrometria de massas aplicada à análise proteômica permite a caracterização e quantificação em larga-escala de proteínas expressas em uma determinada condição ou sistema biológico. Na presente tese, mostramos por meio de diferentes abordagens a utilidade da espectrometria de massas (1) no estudo de proteínas secretadas ou clivadas da superfície (secretoma) por células tumorigênicas como fonte de biomarcadores em câncer (2) na validação de candidatos biomarcadores em saliva humana de pacientes com câncer oral e (3) no estudo de alvos de uma metaloprotease envolvida na progressão de câncer, a ADAM17 (A disintegrin and metalloproteinase 17). Os resultados gerados pela espectrometria de massas juntamente com ferramentas estatísticas e de bioinformática para visualização de dados em agrupamento, heatmaps, rede de interação proteína-proteína, enriquecimento de vias e processos biológicos indicaram proteínas específicas direcionadas à hipótese que puderam ser validadas por métodos complementares quantitativos e funcionais. No contexto de biomarcadores em câncer, um painel de marcadores foi indicado a partir da análise do secretoma de células de carcinoma, melanoma e não cancerosas. Dentre os candidatos em carcinoma...

Análise proteômica de carcinomas primários de mama

Kaviski, Rodrigo
Fonte: Universidade Federal do Paraná Publicador: Universidade Federal do Paraná
Tipo: Dissertação Formato: 118f. : il., algumas color., tabs., grafs.; application/pdf
Português
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Orientador : Prof. Dr. Iglenir João Cavalli; Co-orientadora : Profª Drª Enilze Maria de Souza Fonseca Ribeiro; Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 30/04/2015; Inclui referências; Área de concentração; Resumo: O câncer é resultante do acúmulo de alterações genéticas e epigenéticas que ocorrem em genes que atuam no controle do ciclo celular desencadeando uma proliferação celular desordenada. O câncer de mama é o segundo mais frequente no mundo e o mais comum entre as mulheres, apresentando alta mortalidade, principalmente devido à detecção tardia da doença. A tumorigênese mamária é um evento extremamente complexo que envolve múltiplos fatores, incluindo hormônios e agentes físicos, químicos e ambientais. Diferentes proteínas podem estar envolvidas no processo, sendo super expressas ou sub-expressas, conduzindo a funções celulares distintas. A metodologia proteômica possui diversas aplicações, entre elas a identificação e validação de biomarcadores, utilizados para uma melhor compreensão, detecção e tratamento do câncer. O objetivo deste trabalho foi analisar seis amostras de carcinomas primários de mama pelo método proteômico...

¿Cuáles son los avances de la genómica y la proteómica en el tamizaje y/o predicción de la preeclampsia?

Valderrama-Aguirre,Augusto; Gallo,Dahiana; Cifuentes B,Rodrigo
Fonte: Revista Colombiana de Obstetricia y Ginecología Publicador: Revista Colombiana de Obstetricia y Ginecología
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/03/2011 Português
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Introducción: la preeclampsia constituye una causa importante de morbimortalidad materna y perinatal en el mundo. Su etiopatogenia es aún un enigma; sin embargo, los avances en genómica y proteómica prometen la identificación temprana de la enfermedad o del riesgo de padecerla. Objetivo: hacer una reflexión sobre los avances más promisorios de la genómica y proteómica, en el tamizaje y/o predicción de la preeclampsia. Conclusiones: dos polimorfismos funcionales, uno en el gen ACE (I/D) y otro en el gen COMT (Val158Met), poseen los resultados más promisorios para cumplir con el objetivo de identificar genéticamente a las mujeres con mayor riesgo de desarrollar preeclampsia durante un embarazo. Por su parte, la proteómica ha identificado a la SERPINA-1 como un biomarcador útil para detectar en la orina de las embarazadas que estén desarrollando la preeclampsia, con al menos 10 semanas de antelación a las manifestaciones clínicas de la misma y la necesidad de finalizar el embarazo. En conjunto, estos avances llevados a la práctica clínica podrían reducir el impacto de esta patología en la salud materna.